磁共振检查一次可以检查两个部位，甚至可以检查3-4个及更多部位。因为磁共振检查是无辐射绿色环保检查方法，并不受到检查次数或者检查间隔时间、检查部位的限制。

磁共振检查主要应用于中枢神经系统、消化系统、盆腔、泌尿生殖系统和骨关节系统的检查，比如脑梗死、脑出血、脑血管畸形，此时患者往往会进行头颅磁共振平扫加头颅脑血管成像检查。比如对于腹部胆管结石患者往往会进行上腹部磁共振检查加胰胆管水成像，此时需要两个部位及以上的检查。在检查过程中，先要跟磁共振室的工作人员说明自己的状态，比如患者有没有心脏起搏器、动脉瘤夹、钛夹、胰岛素泵等，这些都会影响到检查的安全性。

在做磁共振检查时，比如要做头部磁共振检查，再做膝关节磁共振检查，可能会安排患者先进行头部检查，紧接着会更换线圈，带上膝关节线圈进行膝关节磁共振检查。其实虽然是两个部位，并不是同时进行检查，而是有先有后的进行检查，所以磁共振检查作为大型医疗检查的费用比较高昂，如果要是做两个部位或两个部位以上的磁共振检查分部位进行收费，所以收费价格也会在基础上进行翻倍。患者要根据自己的病情需要，听从临床医生的指导进行检查。