学院设有2个本科专业：预防医学专业和公共事业管理（卫生事业管理方向）。与上海市、各区县疾病预防与控制中心、卫生监督所等教学实习基地建立了良好合作关系。 

1. 预防医学专业（学制五年，授医学学士学位）

预防医学专业主要培养从事预防保健、健康教育、卫生监督以及预防医学教学、科研工作的高级专业人才。该专业学生第一学年在复旦学院学习公共基础课程，第二学年后进入复旦枫林校区学习。

2. 公共管理专业（卫生事业管理方向，学制四年，授管理学学士学位）

公共管理专业（卫生事业管理方向）主要培养既掌握现代管理学基本理论及基本管理手段，具有公共事业领域的专业知识，又具有基本管理技能的公共卫生事业的复合型管理人才。要求学生了解卫生事业发展基本趋势和医学科学的基本规律，掌握比较全面的医学社会学知识和有关的政策法规。

该专业学生前两个学年在复旦邯郸校区学习公共基础课程和经济管理基础课程，第三、四学年进入复旦枫林校区学习专业基础和专业课程。