通常，用外用药物或冷冻（冷冻疗法）治疗病变

有时，用激光、电烙术或手术治疗或切除病变

如果免疫系统是正常的，它最终会控制人乳头状瘤病毒和清除病毒。该感染经常在8个月后消失；不到10％的患者，其感染可持续超过2年。有时，即使没有治疗，生殖器疣也会消失。患生殖器疣的人若存在免疫系统功能减弱，治疗是必需的，而且疣通常容易复发。

对于生殖器疣，也可在疣上直接涂抹外用药物，包括鬼臼毒素、咪喹莫特、三氯乙酰或 Sinecatechins（使用绿茶提取物制成的油膏）。这种治疗需数周至数月，并可能烧伤周围皮肤，治疗常有效，但不总是有效。即使很明显治疗成功之后，疣还可能复发。

如果外用药物无效，疣可通过激光、电流（电灼）、冷冻（冷冻疗法）或手术方法切除。根据要切除的疣的数量和大小，可采取局麻或全麻。

对于尿道疣，最有效的治疗方法是通过一根带有手术器械附件的观察管（内窥镜）将其切除，不过需要在全麻下进行。药物疗法，如向尿道内塞入噻替派或向疣内注射化疗药物 5-氟尿嘧啶常常有效。

已发现疣内的α-干扰素注射有一定效果。

所有的性伴侣应检查有无尖锐湿疣和其它性传播感染，如果必要的话，给予治疗。性伴侣也应定期检查是否有 HPV感染。

宫颈癌前病变（宫颈上皮内肿瘤 [CIN]）的管理基于病变的严重程度，需要进行更频繁的巴氏试验，通常进行 HPV 检测，或进行大宫颈活检（称为锥形活检或环形电烙切除术 [LEEP]）。