寝殿，本殿为正殿，民间又称为“寝殿”，是妈祖祖庙最主要殿堂之一， 占地面积 238平方米，始建于宋雍熙四年（公元 987 年），是世界上第一座妈祖庙。明洪武七年（1374年）由泉州卫指挥周坐重建，永乐初和宣德六年（1431年）郑和、康熙二十二年（1683年）闽浙总督姚启圣、康熙二十三年（1684年）靖海侯施琅分别对寝殿加以重修。现存建筑是民国年间再度重修的，建筑保持明代布局和清代风格，部分为清代原构。由门殿、主殿和两庑组成，主殿为单檐歇山顶三开间五进深的抬梁式结构建筑，殿内供奉宋代雕刻的千年樟木妈祖金身及水阙仙班陪神，正梁悬挂清雍正皇帝御笔《神昭海表》匾额～