就在草帽海贼团的悬赏令惊动全世界而声名大噪的三天前，在伟大航路的巴拿罗岛上发生了一件大事，原来路飞的哥哥火拳艾斯为了惩罚杀害伙伴的黑胡子蒂奇于是追来这个巴拿罗岛

路飞一行人坐上了弗兰奇亲手打造的新船万里阳光号，就在即将被特大号炮弹击中的那瞬间，弗兰奇游刃有余的利用飞跃逃过了卡普中将的炮弹攻击。就在同时，草帽海贼团的成员的故乡里，大家都看到了海军对他们所下的悬赏单

透过山治告知乌索普似乎很想回来草帽海贼团这件事后，路飞他们于是抱着一线希望，希望乌索普会回来忏悔重新归队，没想到等到最后乌索普还是没出现，偏偏这时候路飞爷爷卡普中将的军舰来袭

为了让弗兰奇大哥完成自己真正的梦想，弗兰奇一家的小弟们想到了利用抢泳裤的战术逼他到废船岛，于是弗兰奇就与小弟们及路飞一行人展开了泳裤传递追逐大战。而之后，弗兰奇更是在妮可罗宾的“特殊对待”之下倒了下去

弗兰奇一家的众小弟们为了弗兰奇大哥的生命安全，于是求路飞他们带大哥一起离开，但其实就算弗兰奇的手下们没有自行要求路飞，路飞本来就打算要弗兰奇成为他们的船匠。另一方面，弗兰奇所设计制造的梦想之船总算完工了

为了在最短的时间内打造出梦想之船，弗兰奇和冰山以及卡雷拉三名最能干的工头日以继夜地赶工，另一方面，弗兰奇的手下们在得知海军新公开的悬赏通缉单里有大哥弗兰奇之后，因为担心弗兰奇成为了悬赏对象后，如果留在水之都必定会很危险

齐蒙尼和昆贝跟着山治上街购买食材去，但是齐蒙尼却因为肚子饿了，所以她带着山治到可可罗婆婆的朋友烹烹爷爷所开的一家小吃店里去。只不过，山治在这里只看到一个醉醺醺的糟老头，还有一边抱怨难吃一边离开的船员。

索隆被曾经帮他带过路的两个小鬼给缠上了，他们俩硬要拜索隆为大哥，一路上还死跟着索隆，就在索隆怎么也摆脱不了他们忍不住出手时，这两个小鬼的妈妈竟然意外现身并和索隆打了起来

原本悠悠哉哉在吃水水糖的路飞和乔巴，不仅是被众人给认出包围了起来，之后甚至有个女孩突然拿出所有的财产，拜托路飞帮她寻找在水之诸神过后失踪的老布鲁“蓝鳍”，路飞表示自己不会放过眼前的财宝而答应要帮她

在经过一场水之都全城参与的盛大宴会后，弗兰奇也开始动手为草帽海贼团建造一般新船了。不过意外的是，冰山和卡雷拉的几个工头也都来帮忙了。另一方面，路飞所崇拜的海贼红发香克斯找上了同为四皇之一的白胡子爱德华·纽盖特

路飞的爷爷海军中将卡普带来了路飞昔日刚出航认识的克比及贝鲁梅伯，如今他们皆在敌对阵营的海军之中，就在路飞与他们叙旧之时，克比也因为信任路飞而将海军的秘密意外的道出，并诉说着伟大航路中的那个“新世界”

这次来到水之都的竟是海军里的海军英雄中将卡普，正当大伙儿惊吓之余，更让众人跌破眼镜的是，这位海军中将卡普竟然是路飞的爷爷，让人闻风丧胆的他竟然和路飞一样有点无厘头

黄金梅丽号撑着残破的船身，赌着最后一口气救了路飞一行人，让他们都能平安的被救回水之都。但是，失去梅丽号的他们却十分的沮丧，没想到，之后弗兰奇竟说他要利用宝树“亚当”造船给他们继续之后的航行

在司法岛危急之际救了路飞一行人的梅丽，其实它早就因为被水之诸神打中而损坏了，但是梅丽的“想要再一次航行”的话，打中了冰山的心，于是他再次的紧急修复了梅丽，给了梅丽最后一次航行的机会。

没想到在路飞他们所有人跳进海里之后，来救他们的是原本已经伤痕累累的梅丽号，之后，由于山治事先在踌躇之桥的第三支柱里动过手脚，所以正义之门逐渐的关了起来形成漩涡，之后又靠着弗兰奇的风来炮，一行人总算逃离了海军包围的海域

虽然路飞在大家的鼓励下奋力击倒了路奇，但是他却也因为力量用尽而无法动弹了。眼看着海军已经下达炮击命令要把路飞炸死，不过，就在大家呼唤路飞的声音当中，乌索普隐约听到了一个熟悉的声音，那是梅丽。

由于海军派出了少校以上级别的200名精锐部队对索隆等人发动攻击，让索隆、乌索普、娜美以及罗宾陷入苦战之中，而路飞则是继续和路奇对峙当中，原本路飞已经被路奇的六式最强的招式-六王枪打倒了，不过在听到乌索普拼命的呼唤之中，路飞总算振作起来

被可可罗婆婆救起的山治等人，终于和弗兰奇及罗宾会合，现在只剩下还在和路奇奋战的路飞，不过海军也已经包围了他们所有人，并且派出了由上校和中校所组成的200名精锐部队对索隆他们发动攻击

原本都沉入水中的山治一行人，幸好有真的是人鱼种族的可可罗婆婆所救，全员顺利的上了弗兰奇和罗宾抢来的逃脱船。但是，司法岛踌躇之桥之外的其他区域都已经被炮击给吞噬了

由于路飞与路奇对战时启动了三档，所以因此缩小后的他必须要躲起来等身体恢复成原状，但是却被路奇给发现了。正当路飞危机之刻，山治等人也因为通道灌入海水面临到将溺毙的命运

即使路飞启动了三档与路奇对战，但是却仍然分不出高下，双方都陷入胶着状态。另外，位在军舰上的中将，则是在炮击中，将号称是CP9史上最强而且是最冷酷的谍报员罗布·路奇的过去缓缓诉出。

就在山治和索隆抓着狙击王往通道前方跑去的同时，娜美与可可罗婆婆他们也一起朝着正义之门的方向前进，只是没想到就在这时通道竟然灌进了海水，外面又有屠魔令的炮击。另一方面，虽然知道伙伴们正面临着危机，但是路飞相信伙伴们一定会想办法度过难关

在千钧一发之际，拿着钥匙的弗兰奇第一个赶到，并且用5号钥匙替罗宾解开了海楼石手铐，山治和索隆也分别赶到，更重要的是狙击王站在司法之塔上射击救了罗宾，不过路飞还和路奇陷入苦战之中

在最后即将踏进正义之门时，斯潘达姆提起了当初原本海军本部中将哈古瓦尔·D·萨乌罗的叛乱还有罗宾的母亲奥尔维亚的事，以及在奥哈拉发动屠魔令都是他的父亲斯潘达因做的，而今天罗宾也将死在斯潘达姆的手上

索隆与卡库在经历过一番激战之后，最后索隆变身为鬼神以阿修罗之道战胜了卡库，并且顺利代替卡雷拉公司的工头巴里传达一句话，卡库他们这些叛徒都被开除了；另一方面妮可·罗宾已经被带到正义之门前