samtools mpileup/depth 参考文章： 「直播」我的基因组（19）:根据比对结果来统计测序深度和覆盖度 「直播」我的基因组（20）:覆盖度详细探究 「直播」我的基因组（21）：为什么我算出的染色体覆盖度与公司差异甚大

GATK DepthOfCoverage https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/tooldocs/3.8-0/org_broadinstitute_gatk_tools_walkers_coverage_DepthOfCoverage.php 参考文章： NGS基础概念-depth and coverage： https://vip.biotrainee.com/d/67-ngs-depth-and-coverage http://blog.sina.cn/dpool/blog/s/blog_6721167201018fyw.html

BedTools' genomeCov https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/genomecov.html

Picard CollectWgsMetricsWithNonZeroCoverage 参考文章： 计算捕获效率，测序深度，覆盖度： https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/tooldocs/4.0.4.0/picard_analysis_CollectWgsMetricsWithNonZeroCoverage.php

bamcov https://github.com/fbreitwieser/bamcov 参考文章： 可以实现在终端快速计算和可视化序列的覆盖度：https://mp.weixin.qq.com/s/WLEinW2BvxQ6a2MkTQCa8w

Alfred https://gear.embl.de/docs/alfred/cli/ 一个集成的工具，包括质控、对DNA-seq,RNA-seq,ChIP-seq/ATAC-seq特征指标的计算和注释、比对和单体型分析。 文章发表在Bioinformatics，发表日期：06 December 2018 https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty1007

mosdepth https://github.com/brentp/mosdepth 文章：https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx699

qualimap http://qualimap.bioinfo.cipf.es/

其他方法 .....