1、首先,你要把正反序列拼接成一条序列,再去比对,要不,你测序的信息就没有利用完全,双向测序得到的两条序列,你先看峰图,把那些很乱的部分要去掉,峰图很乱说明测序不准,去掉很乱的部分之后,一般一条序列长度应该为700-800bp左右(一个反应的测序精度一般为700bp)
2、我想你是问如何拼接是吧?你们老师应该是告诉你如何拼接序列,原理就是,先让两条序列正反向一致(如果你是双向测序的话,一般是把一条序列变成反向互补序列就行了),两条序列肯定会有重复,一般是a的前端与b的后端重复(或a的后端与b的前端重复),选择a的前端的部分序列与b的后端比对,找到重复,再将别的序列连接在重复的两端(第二种情况也一样),不知道你清楚不,就是双向测序的话,中间肯定有重复的,找到重复就行了……
拼接好序列后,直接到NCBI里面的BLAST里面,选择BLASTn,物种选others,默认设置就可以了……
3、克隆测序的话,可以将pcr得到的结果序列全测出来,直接纯化测序的话,两端的序列,可能有50bp左右会测不准(峰图较乱),还有克隆测序的话,由于是转到质粒里面,序列是纯的,pcr有可能有杂带污染
4、上面是我个人经验,参考资料不清楚
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