河源市妇幼保健院成立于1956年4月，1992年12月升格为市妇幼保健院；1994年被卫生部、世界卫生组织和联合国儿童基金会命名为河源市首家“爱婴医院”；2001年11月通过评审，成为二级甲等妇幼保健院；2007年6月，成立广东省危重新生儿护理抢救中心河源分中心及广东省乳腺病防治中心河源分中心。

2009年10月27日，历经3年多建设的妇幼保健院新院正式投入使用，老院设为分院，实行“一院两点”的管理模式。新院位于新市区长安路251号，占地面积11215平方米，总建筑面积22600平方米，设床位300张，按三级甲等专科医院标准建设；她的建成使用，极大地改善全市妇女儿童健康，提升全市妇幼保健工作水平，优化全市经济社会发展环境具有重要意义。分院位于源城区公园西路29号，占地面积1500多平方米，建筑面积5000多平方米，设床位60张。

医院从最初的县保健站，5名工作人员，几间简陋的产房、注射室，只能开展产前检查及妇科病的普查治工作，逐步发展到现在有工作人员500多名、工作用房近3万平方米，集医疗、妇幼保健、优生优育指导、计划生育技术用务、教学、科研为一体的综合性妇幼保健医院，成为河源市五县一区的妇幼保健技术指导中心。