基本原理：有机溶剂会使杂质蛋白变性，并将杂质蛋白留在有机溶剂层，而DNA分子是有水溶性的，所以会进入水溶液层，这样DNA和杂质蛋白就被分开了。

苯酚：使蛋白质变性，同时抑制了DNase的降解作用。用苯酚处理时，由于蛋白与DNA联结键已断，蛋白分子表面又含有很多极性基团与苯酚相似相溶。蛋白分子溶于酚相，而DNA溶于水相。

氯仿：有助于水相与有机相分离和除去DNA溶液中的酚。

异戊醇：在酚氯仿中加入少量异戊醇，可以减少抽提过程中泡沫的产生，同时异戊醇有助于分相，使离心后的上层水相，中层变性蛋白相以及下层有机溶剂相维持稳定。