有的，而且不下几十种。我不是专业做计算的，所以只是简单介绍一下。

推荐几个我常用的比较出色的可视化建模程序：

1. GaussView 6.0：收费软件，是Gaussian的配套程序，目前最强大的3D分子建模软件，功能非常丰富。缺点就是可视化效果没那么好看。

2. VMD：免费的分子可视化软件。分子动力学必学软件，分子动力学轨迹可视化效果堪称最强，各种等值面显示效果也极佳，可用tcl语言编辑各种命令来执行。缺点是结构几乎不能编辑。

这几个图只是我做组会slide随手画的，实际上VMD能做出许多华丽炫酷的图片，给期刊当封面毫不夸张。

3. CYLview：计算化学专家 K. N. Houk开发的免费小软件。功能不多，但是球棍模型显示效果极佳，适合文章里插图。景深和虚化效果很难用其他软件代替。

4. Mulitwfn：卢天博士开发的强大波函数分析软件。几乎对所有主流量化程序兼容，可以显示分子结构及等值面，但结构不能编辑。

5. Chemdraw/Chem3D：收费的分子画图软件。chem3D的可视化功能很拉跨，有一些小辅助功能（MM2力场）可以用一用。Chemdraw2020版新增了3D clean up功能，可以直接把键线式用3D的形式展现出来，从此chem3D更没用了。

演示一下3D clean up功能，我觉得这个很不错：