正向引物和反向引物是相对的，通常以一个双链DNA（上面的那条链）的上游结合部位称为正向引物，是从左到右的方向，也就是5-3的方向，而下面那条互补链的下游结合部位称为反向引物。

其方向是从右到左的，因为下面的链的方面从左到右是3-5，从右到左就是5-3了，PCR的扩增的确是一条引物就可以扩增了。

反向引物的存在可以结合互补链，使互补链的扩增方向也是5-3，这样一次就是两条链同时扩增，循环一次就是4条链同时扩增再循环一次就是8条链同时扩增，这样才是所谓的几何级数扩增。

正向合成时延伸到反向引物结合位点时就会停止，同理反向引物也是。