采用ggplot2绘制误差线需要对数据转换求得mean和sd(或se等),可以通过Rmisc包summarySE函数、dplyr包group_by与summarise两个函数等实现,添加p-value(或显著性标记)可采用ggpubr包,然而添加p-value无需数据转换。这样,ggplot2同时绘制误差线与p-value则需要采用多数据框,太过复杂。下面提供一个简单的一步到位法。
#先加载包
library(ggplot2); library(ggpubr)
#加载数据集ToothGrowth
data("ToothGrowth")
tg % map(~leveneTest(len ~ supp, data = .x, center = mean))
#不同dose下,Levene检验p值分别为0.052、0.149、0.129,表明各组总体方差相同(var.equal = TRUE)。
p + stat_compare_means(method = "t.test", method.args = list(var.equal = TRUE))
添加显著性标记
p + stat_compare_means(aes(label =..p.signif..), method = "t.test", method.args = list(var.equal = TRUE))
如果是盒形图或折线图等或其他比较方法,代码可相应修改,可参考ggplot2绘制带有标准差图 、 R语言可视化学习笔记之添加p-value和显著性标记。
|