曾有如此强大的免费流式分析软件放在你面前,你却没有珍惜

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曾有如此强大的免费流式分析软件放在你面前,你却没有珍惜

2024-06-29 10:35:15| 来源: 网络整理| 查看: 265

更改坐标参数,和其它软件类似,都是在坐标上鼠标右键选择。设门,则是在图上空白区域点鼠标右键,选择Create new Region,至于门的名称、颜色、逻辑组合、删除,都是在右侧Populations窗口鼠标右键执行,这些功能我觉得比Flowjo好用,尤其是逻辑组合:

2、散点图细胞太多,看不清,想少显示一些

对于获取稀有事件的朋友,会获取百万级别的细胞,此时,细胞群之间的分界就看不清楚,为此,就需减少显示的细胞数量,以便圈门。

Flowjo有这功能,Kaluza直到新的2.0版本才具备此功能,而Flowing在5年前就具备了此功能,而且其选择数据的功能十分多样。

在菜单中,选择Data Reduction Tools下面的Reduce Event Number:

会在主界面出现一个空白框Event Number Reducer:

选中该框,选择FCS文件后,然后鼠标右键选择减少事件的方法,可选择固定的数量,也可选择百分比,可选择从文件头取,也可以按照隔行取事件,最后将这个Event Number Reducer与散点图连接,即可显示数量减少后的图形:

3、特色:让直方图的门自动微调

不同数据文件之间,如果两个峰比较明显,但是其分群位置略有变动,大家经常需要自己去手动调,少许几个文件还好说,如果上百个数据一个个去调,要累死人的。

Flowing就有自动微调功能,不知道是否孤陋寡闻,这个功能我觉得还是非常特色的,很少有软件有此功能。

首先画一个Histogram,然后在上面分别画阳性峰和阴性峰的Region,这一步一定要做:

接着,从菜单Create→Region Control Tools下选择move Regions over Negative and Positive Populations:

将图形与该功能框连接后,默认是显示Non Active的:

鼠标右键点击该框,选择Active Control即可:

至于其中自动调整的算法,有三种算法可选,大多数用第一种,如果峰的分隔不是特别好或第一种调坏了,你可选择后面两种:

接下来用菜单中的Next file in directory或快捷键Ctrl+N切换到下一个文件:

看下图的效果:

4、补偿调节

Flowing的补偿调节虽然没有商业软件可视化拖动滑动条那么简单,但相对来说,也算是比较清晰容易了。

首先选择Create→Data modification tools下面的Compensate Data功能:

出现一个空白框,将该框与已选择FCS文件的散点图连接(注意箭头朝向),然后按照下图的数字标识依次进行操作:Edit modifications→窗口中选择调节补偿的参数,Remove第一个参数 From第二个参数→点击Save之后,调整Spillover值,就可以看到散点图上的图形补偿发生了变化:

5、直方图叠加

选择Create→Visualization Tools下的Overlay Histogram:

接着将其它多个直方图与此框连接(箭头指向此框),即可完成叠加,但是坐标要求名称一致:

这里有FLOWER要问了,我要给直方图加上颜色,好办,只要给那两个普通的直方图加上颜色,叠加直方图也会自动显示透明色的:

6、批量处理和统计

商业软件的批处理都有做进去,Flowing的批处理也一点不逊色。

例如我要统计某个抗原表达率,逐级设门后,最后选择抗原表达的直方图或散点图,鼠标右键菜单中选Create Statistics ,就会出现Statistics框,将常见参数都显示出来了,这只是第一步,接下来在Statistics框上再点击鼠标右键,选择Create StatList,接下来,只需在散点图或直方图上,按Ctrl+N或Ctrl+P前后切换数据,就会看到StatList上不断有数据添加上去,最后只需复制StatList上的数据即可。

更多视频介绍

这次先简单介绍这6个功能,软件还有很多强大的功能,足够大伙儿用了。作者放出的简单视频里面,介绍的更多,大家可稍微看一下(视频比较糊,不过只是了解一下):

如果需要更详细的、更高清的视频教程,在官方网站上有wmv格式的视频教程下载:http://flowingsoftware.btk.fi/index.php?page=4,不过网速可能偏慢。

安装

软件需要.net framework 3.5支持,需从微软网站下载:http://www.microsoft.com/zh-cn/download/details.aspx?id=21flowing官方网站的下载程序由于为clickonce发布的,故安装时会默认安装至c:temp,容易被误删,故我将该目录下的程序提取并改名打包,上传于此,大家可在.net framework 3.5安装完成后直接解压缩运行:http://www.flowcyto.cn/bbs/forum.php?mod=viewthread&tid=1664&page=8#pid11275

现在,你还要去找商业软件的话,我就无奈了

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