●西雅图航线停航和海外日本国民的撤离

1937（昭和12年）中日战争爆发，1939（昭和14年）第二次世界大战爆发。此后，随着战争局势的扩大，海上航线被迫相继关闭。西雅图航线于同年8月17日关闭，自此终结了1896年（明治29年）以来45年的航行历史。 “冰川丸”号于1941（昭和16年）7月20日返回大阪（第73次航行）这也是“冰川丸”号最后一次航行，于同年10月它被逓信省（管辖交通，通信）征用为撤离船。负责将留日的外国人送回国，同时接回留在外国的日本国民，在横滨与西雅图之间往返航行。

●改造成医疗船

刚刚抵返横滨的“冰川丸”号被海军征用并改造为特设医疗船。1941年（昭和16年）11月21日“冰川丸”号在横须贺海军工厂造船部接受改装，并于12月下旬改装完成。作为海军特设医疗船，“冰川丸”号根据国际公约，船体和烟囱涂成白色，并在船身侧面涂上一条绿色横线，红色十字标志则涂在船身两侧的中央位置和烟囱上。虽然船内的一等、二等交流室和一等特别室，中部区域等得以保持原貌，但大部分的客房及船舱都被改造为病房等，添置了不少医疗设施。

●作为医疗船前往南方战线

特设医疗船的作为战争中的‘海上医院’职责是收容并运送伤病员回日本，此外，“冰川丸”号还为战地和军舰提供治疗，健康检查，防疫，并补给战场医疗用品等。 “冰川丸”号在战争结束前的三年半医疗船生涯中，前往过达勒，腊巴尔，加里曼丹岛，雅加达，塞班，马尼拉等地，在24次巡航中收容过约3万名战争伤员并将他们送往内地。 “冰川丸”号作为医疗船期间，尽管先后3次被鱼雷击中，但每次都化险为夷，主要由于他是由厚钢板建造，与其他船只相比更为坚固。

医院船时代的冰川丸

担架抬下的伤病兵