伤寒潜伏期（通常8～14天）与摄入的细菌数量呈反比。往往逐渐起病，症状有发热、头痛、关节痛、咽炎、便秘、纳差、腹部疼痛和触痛。较少见的症状有排尿困难，干咳和鼻出血。

若不治疗，体温在2～3日内呈阶梯状上升（常常达到39.4～40 °C），持续高热维持10～14日，于第3周末开始逐渐下降，到第4周恢复到正常。长期发热常伴有相对缓脉和虚脱。重症患者出现中枢神经系统症状，如精神错乱、恍惚或昏迷。约有10%-20%的病人，病程的第2周身体的胸腹部可出现粉红泛白的皮损（玫瑰疹），历时2～5日消退。

脾肿大，白细胞减少，贫血，肝功能异常，蛋白尿和轻度消耗性凝血病常见。急性胆囊炎和肝炎也可发生。

疾病后期当肠道病损明显时，可有血性腹泻，粪中含有血液（20%为隐血，10%肉眼可见）。约2%的病人在第3周可发生严重出血，病死率达25%。病程第3周出现急腹症和白细胞增多提示肠穿孔，通常发生在远端回肠，见于1%～2%的患者。

病程第二周和第三周可出现肺炎，可因继发肺炎球菌感染引起，然而 S. 杆菌本身也可引起肺炎。菌血症偶尔导致局灶性感染，如骨髓炎，心内膜炎，脑膜炎，软组织脓肿，肾小球肾炎，或泌尿生殖道受累。

伤寒非典型表现，如肺炎、仅有发热、或极罕见情况下表现为UTI的症状，可能会延误诊断。

恢复期可能持续数月。

8%～10%未经治疗的伤寒患者，在退热后2周左右又可出现与疾病初期的临床症状和体征相似的临床综合征。疾病初始时用抗生素治疗者，发热的复发率可高达15%～20%，其原因不明。若在复发时再给抗生素治疗，则很快退热，不像原发性发病期那样缓慢退热。偶尔会发生第2次复发。