新型冠状病毒的信息汇总与分析 (形态,分类,基因组,进化,变异,流行病学) |
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目录介绍
冠状病毒形态
分类
基因组
参考基因组序列
蛋白质三维结构
基因组流行病学分析
基因组变异及进化树1. 介绍 新型冠状病毒,是一类具有包膜、基因组为线性单股正链的RNA病毒,颗粒呈圆形或椭圆形,直径约60-140nm。 正链意味着病毒进入细胞后就可以直接指导蛋白质合成,而且通过RNA聚合酶生成负链来进行自我复制此次武汉发现的冠状病毒是新发现的在人类中传播的病毒株系,被WHO命名为2019新型冠状病毒(2019-nCoV)。 其他与之同属于冠状病毒会感染人类并引起疾病,比如中东呼吸综合征(MERS)和严重急性呼吸综合征(SARS),其症状可从普通感冒到重症肺部感染。 2. 冠状病毒形态刺突糖蛋白(Spike,S):组成病毒粒表面有球棒状的突出部分,属于I型跨膜蛋白。可以被S酶分解为S1和S2两个功能单位 。S1用来促进病毒结合到宿主细胞受体,与宿主受体互作区(RBD区)与受体结合。这个区域可以与ACE2蛋白结合,如果结合完成,那么新型冠状病毒就会感染人呼吸道上皮细胞,进而导致肺炎。血凝素-酯酶蛋白(hemagglutinin-esterase,HE):β冠状病毒属(新型冠状病毒)的结构,I型跨膜蛋白 膜糖蛋白(membrane glycoprotein,M):通过三个跨膜结构域嵌入病毒包膜里 包膜蛋白(envelope,E):跨膜蛋白核衣壳(nucleocapsid,N) :以串珠的形式结合到RNA基因组上,形成螺旋对称的核衣壳 3. 分类4. 基因组5. 参考基因组序列NCBI第一个上传的基因组数据Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome这一版本的基因组相对后面发布的基因组,有更加全面的信息,详细内容进https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947 作者在上传基因组数据的声明,这个基因组的发布引起的学术纠纷不再赘述http://virological.org/t/novel-2019-coronavirus-genome/319 国家基因库链接:https://db.cngb.org/search/assembly/CNA0007332/ 比如基因组下载:ftp://ftp.cngb.org/pub/CNSA/CNP0000881/CNS0191792/CNA0007332/2019-nCoV_WH01.completeGenome.fa.gz其他更新ID:CNA0007332 ,CNA0007333 ,CNA0007334 ,CNA0007335 国家基因组科学数据中心https://bigd.big.ac.cn/gwh/Assembly/947/show 其他更新ID:GWHABKF00000000 ,GWHABKG00000000 ,GWHABKH00000000 ,GWHABKI00000000 ,GWHABKJ00000000 6. 蛋白质三维结构1月26日,上海科技大学饶子和/杨海涛课题组测定的2019-nCoV冠状病毒的部分高分率晶体结构COVID-19主蛋白酶与抑制剂N3配合物的晶体结构目前PDB ID: 6LU7 7. 基因组流行病学分析https://nextstrain.org/ncov 8. 基因组变异及进化树最近,国家基因组中心更新了 2019nCoVR 专题,链接:https://bigd.big.ac.cn/ncov/ 基因组序列信息基因组变异分析进化树分析(来自NGDC)其他信息: https://www.who.int/westernpacific/emergencies/novel-coronavirus 参考: https://mp.weixin.qq.com/s/RcOtYOnk5xRpyf5KH01dnQ https://phil.cdc.gov/Details.aspx?pid=23312 |
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