连续两次求贤令：曾经我给你带来了十万用户，但现在祝你倒闭，以及 生信技能树知识整理实习生招募，让我走大运结识了几位优秀小伙伴！大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战，其中几个小伙伴让我非常惊喜，不需要怎么沟通和指导，就默默的完成了一个实战！

他前面的分享是：

下面是他对我们b站转录组视频课程的详细笔记

本节概览：

1.DESeq2、 edgeR、limma的使用

2.三类差异分析软件的结果比较——相关性、韦恩图

3.选取差异基因绘制火山图和热图

强烈建议查看官方说明书进行这三种差异分析的学习，链接在文章末尾给出。 注意，这三个包都需要输入counts进行分析，不能用tpm、fpkm等归一化后的数据。

承接上节 RNA-seq入门实战（三）：在R里面整理表达量counts矩阵 和 RNA-seq入门实战（二）：上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon 正式分析前先进行目录设置、实验组和对照组的指定：

DESeq2是目前最常用的差异分析R包。除了可以导入counts外，如果上游使用salmon，DESeq2官方还给出了直接导入tximport生成的txi对象的方法。counts与txi的获取见 RNA-seq入门实战（三）：在R里面整理表达量counts矩阵 和 RNA-seq入门实战（二）：上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon