上次我们已经使用R语言来对OTU表的抽平分析，那么我们如何使用抽平后的OTU表来重新计算Alpha多样性呢？接下来我们就来学习一下。

不过你可能会说，这个不是测序公司都计算好了吗，而且还可以用qiime软件，为啥还要使用R，因为有些测序公司并没有帮你抽平，再一个我使用R语言比较多，如果你会使用其他软件当然更好。欢迎你与我分享一下。

这里我们需要使用到两个数据集：一个是经过抽平分析处理后的otu表（如果不会抽平分析的可以查看该文章 ；

另外一个数据集是使用各OTU代表序列构建的进化树文件“otu_tree.tre”。

抽平分析后得到的otu表：（当然你也可以选择不抽平）

计算每一种Alpha多样性指数都会用到otu表，但是对于otu_tree.tre文件，只用于计算谱系多样性。

我们接下来会使用到两个包，一个是vegan包，另一个是picante包。如果没安装这两个包，需要提前安装好。

vegan包可以用来计算多种Alpha多样性指数，例如这次我们要学习计算的物种丰富度（Richness）、Chao 1指数、ACE指数、Shannon指数、Simpson指数等。

谱系多样性（即PD_whole_tree）需要使用picante包，该多样性除了物种丰富度数据外还需要进化树文件。