医生根据临床上诊断和治疗的需要选择不同的标本和检查方法进行实验室诊断，从而鉴定出感染的病原菌。实验室诊断包括细菌学诊断，即检测及鉴定病原菌；检测病原菌成分（抗原和核酸）以及检测患者血清中特异性抗体（图1）。

图1 细菌感染的实验诊断方法

一、细菌学诊断

形态学检查 光镜下可观察直接涂片或分离培养的细菌形态（包括染色标本和不染色标本），直接涂片染色只对特定样品中的细菌有诊断价值。如在患者脓性脑脊液或淤血点中的白细胞内检出革兰染色阴性的双球菌即可诊断为流行性脑膜炎；在生殖器官病变部位的标本中发现革兰染色阴性的双球菌，结合临床症状即可初步诊断为淋病奈瑟菌感染。但很多细菌的形态和染色性缺乏明显特征，仅凭形态学不能做确切的诊断，需经细菌的分离培养，甚至纯培养后，对细菌进行生化和血清学鉴定，方能明确感染的细菌。

不染色标本主要用于检查细菌的动力，如在镜下观察标本有无“鱼群”样排列、运动活泼的细菌，可对霍乱弧菌进行初步诊断。

1．细菌染色检查法 主要包括革兰染色、抗酸染色和荧光染色后光镜检查。

（1）革兰染色法（Gram stain）：是在1884年由革兰（Hans Christian Gram）发明的，它一直是对细菌进行分类鉴别的最常用染色方法。

（2）抗酸染色法（acid-fast stain）：是鉴定结核和麻风等分枝杆菌属细菌的重要方法。细菌经涂片、干燥和固定后，先用5%石炭酸复红初染，细菌被染成红色，然后用3%盐酸酒精脱色，由于分枝杆菌细胞壁富含脂类物质，一旦着色，盐酸酒精难以将其脱色，故为抗酸染色阳性（红色）。而一般的细菌容易脱色，再经美兰复染呈现蓝色。若在痰液中检出抗酸染色阳性的杆状细菌，则可诊断患者有结核分枝杆菌的感染。

用金胺对结核杆菌进行染色，在荧光显微镜下可观察到呈金黄色荧光的菌体，此法可提高结核分枝杆菌的检出率。

另外，有一些特殊的染色方法可将细菌的特殊结构，如细菌的鞭毛、荚膜和芽胞进行染色。