基因引物序列的查找

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基因引物序列的查找

2024-07-17 13:28:10| 来源: 网络整理| 查看: 265

以SRP72为例。

第一步,先在NCBI官网National Center for Biotechnology Information的“Gene”里检索这个基因,记住其基因ID:

第二步,进入primerBank官网PrimerBank里找对应引物,Search by选择NCBI Gene ID,Species选对应物种,For tex写基因ID:

点击Submit,出现对应的引物序列:

第三步,验证引物。利用NCBI官网中的primer-blastPrimer designing tool,点击NCBI首页右边的Blast链接,进去后页面往下拉,可以看到:

点击进去,在Primer Parameters里将primerbank里检索到的引物序列粘贴上去。

更改Organism为对应物种

勾选show results in a new window,这是结果在新页面展示的意思,最后点击Get Primers。

稍等片刻,出现结果如下:

在结果中查看名称和碱基配对情况:

        显示“.”为匹配;显示字母为不匹配,不匹配的多于5到6个说明引物不太合适。

        引物length一般在15-30bp,常用的为18-27bp,但不应大于38bp。

        Tm值范围为55-65°C,上下游引物Tm值不宜相差太大,最好不要超过5度。

        GC%一般为40%-60%,以45-55%为宜。上下游不要相差太大。

        product length一般在300-500之间比较好,可扩大范围至60-500之间。



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