基因引物序列的查找 |
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以SRP72为例。 第一步,先在NCBI官网National Center for Biotechnology Information的“Gene”里检索这个基因,记住其基因ID: 第二步,进入primerBank官网PrimerBank里找对应引物,Search by选择NCBI Gene ID,Species选对应物种,For tex写基因ID: 点击Submit,出现对应的引物序列: 第三步,验证引物。利用NCBI官网中的primer-blastPrimer designing tool,点击NCBI首页右边的Blast链接,进去后页面往下拉,可以看到: 点击进去,在Primer Parameters里将primerbank里检索到的引物序列粘贴上去。 更改Organism为对应物种 勾选show results in a new window,这是结果在新页面展示的意思,最后点击Get Primers。 稍等片刻,出现结果如下: 在结果中查看名称和碱基配对情况: 显示“.”为匹配;显示字母为不匹配,不匹配的多于5到6个说明引物不太合适。 引物length一般在15-30bp,常用的为18-27bp,但不应大于38bp。 Tm值范围为55-65°C,上下游引物Tm值不宜相差太大,最好不要超过5度。 GC%一般为40%-60%,以45-55%为宜。上下游不要相差太大。 product length一般在300-500之间比较好,可扩大范围至60-500之间。 |
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