使用Jmol制作分子轨迹动画以及旋转动画 |
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原作者Yafan Zhao，本文转自zevan的博客 Jmol是一个强大的软件。使用Jmol可以很轻松的制作一些分子动画, 在Jmol官方wiki上有详细的介绍。这里以两种情况为例： 将几何优化或者分子动力学计算的轨迹展示为动画首先，编写jmol脚本如下： 1234567frame 1num_frames = getProperty("modelInfo.modelCount")for (var i = 1; i 控制台，在出现的类似命令行终端下输入script makemovle.jmol，Jmol会输出一系列的JPG格式的图片。使用convert命令来将jpg图片转化为gif文件。 1convert -delay 10 movie00*.jpg B20-movie.gif效果如图所示： 360度展示单个分子类似的，编写jmol脚本如下： 12345678910111213141516171819# goal: a 360 degree spin ~degstep = 10 # or 2, degrees per step~degrees = 0 # total degrees rotatedwhile (~degrees < 360){ # SPIN rotate y @~degstep ~degrees += ~degstep # DISPLAY/WRITE FRAME refresh ~whereami = "degrees = " + ~degrees print ~whereami ~fileprefix = "Pic/" # UNCOMMENT TO GENERATE EXTRA FRAMES REQUIRED FOR WMV. COMMENT OUT FOR MP4. ~degreesplus = 1000 + ~degrees ~towrite = ~fileprefix + "B20_" + ~degreesplus + ".jpg" # WRITE THE IMAGE write image jpg @~towrite}保存以上脚本为rotate.jmol文件。使用Jmol打开分子坐标文件，设置好颜色、背景、键的粗细、原子的大小等琐碎的细节。在当前文件夹下建立一个Pic文件夹。在控制台下输入 script rotate.jmol，Jmol会输出一系列的JPG格式的图片。最后使用convert命令来生成旋转的分子动画。 1convert -delay 25 B20_*.jpg B20_anim.gif效果如下: 参考文献：http://wiki.jmol.org/index.php/Creating_Movies 转载请注明来源，欢迎对文章中的引用来源进行考证，欢迎指出任何有错误或不够清晰的表达。 |
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