序列比对(四) |
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序列比对(四)
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原创: hxj7 前言： 本文介绍的是采用仿射罚分模型的Smith-Waterman算法。 关于全局联配，局部联配以及仿射罚分模型的介绍可参见前文： 序列比对（一）全局比对Needleman-Wunsch算法 序列比对（二）Needleman-Wunsch算法之仿射罚分 序列比对（三）局部联配Smith-Waterman算法 其中，《序列比对（二）Needleman-Wunsch算法之仿射罚分》一文中对**X(i, j)以及Y(i, j)**的计算需要补充说明一下（以X(i, j)为例，Y(i, j)与之类似）： 在上文中X(i, j)的计算方式如下： C代码 #include #include #include #define MAXSEQ 1000 #define GAP_CHAR '-' // 对空位的罚分是仿射的 struct Unit { int W1; // 是否往上回溯一格 int W2; // 是否往左上回溯一格 int W3; // 是否往左回溯一格 float X; float Y; float M; float O; // 得分矩阵第(i, j)这个单元的分值，即序列s(1,...,i)与序列r(1,...,j)比对的最高得分 }; typedef struct Unit *pUnit; void strUpper(char *s); float max2(float a, float b); float max3(float a, float b, float c); float getFScore(char a, char b); void printAlign(pUnit** a, const int i, const int j, char* s, char* r, char* saln, char* raln, int n); void align(char *s, char *r); int main() { char s[MAXSEQ]; char r[MAXSEQ]; printf("The 1st seq: "); scanf("%s", s); printf("The 2nd seq: "); scanf("%s", r); align(s, r); return 0; } void strUpper(char *s) { while (*s != '\0') { if (*s >= 'a' && *s return a > b ? a : b; } float max3(float a, float b, float c) { float f = a > b ? a : b; return f > c ? f : c; } // 替换矩阵：match分值为5，mismatch分值为-4 // 数组下标是两个字符的ascii码减去65之后的和 float FMatrix[] = { 5, 0 |
图片引自https://fengcong97.cn/sequece-alignment/ 其前提是假设一个缺失和一个插入不会连在一起。否则，X(i, j)的计算就会变成下面这样： 
局部联配线性罚分模型与仿射罚分模型结果的区别 （alignSW代表局部联配线性罚分模型，alignSW2代表局部联配仿射罚分模型）： 
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