故事发生在非常、非常遥远的未来。人类即将灭亡。世界受到黑色恶疾与异形怪物的威胁。善良的少年，与年幼的妹妹立下约定。那是横跨千年岁月、近乎永恒的谎言。

     2053年夏，新宿，主角尼尔躲在一栋废楼中。突然几只怪物冲了进来，战斗旋即展开。

       第一场战斗就是纯粹的教学性质，按□键不断连招就能解决战斗。

       击退魔物后，尼尔转到角落去照看妹妹悠娜。悠娜似乎重病缠身，一直不停地咳嗽。

       见悠娜暂时没有大碍，尼尔叮嘱妹妹不要碰触地上的书本，之后就外出去找食物。走到门口又有魔物出现，解决掉它们触发剧情。

       精疲力尽的尼尔倒在了地上，但怪物再一次涌了进来，为了保护妹妹尼尔选择触碰地上的书本。大楼中突然涌现出了红光，一只巨大的拳头将楼里的魔物打飞了出来。

       尼尔也好像重生一般站在了怪物们面前，与此同时之前的书本漂浮在了尼尔身旁，巨拳正是从这本书里发出来的。

       这里尼尔获得了书本的能力，可以按L1和R1键使用魔法技能，按住L1\R1键则可以进行蓄能，蓄能可以提示升魔法的效果和威力。

       清理掉杂兵后就会出现一只大型魔物，大型魔物的攻击依旧没有太大威胁，利用好回避以及远程魔法就可以轻松将其击倒。

       不过，游戏中大boss在倒地后身体的某个部位会出现攻击计量表，玩家需要在指定时间内将其打破才能彻底将其消灭。这里，怪物的攻击计量表会出现在头上，可以跳起来攻击或者使用黑枪等远程魔法来打掉。

       尼尔返回到妹妹身边，尤娜想要将刚刚找到饼干分给哥哥，但此时她咳的更加厉害，黑色文字慢慢延伸到了脖子、脸上，悠娜最终不支倒下。

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