Cytoscape软件下载、安装、插件学习[基础教程]

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Cytoscape软件下载、安装、插件学习[基础教程]

2024-07-12 21:59:32| 来源: 网络整理| 查看: 265

写在前面

今天分享的内容是自己遇到问题后,咨询社群里面的同学,帮忙解决的总结。

关于Cytoscape,对于做组学或生物信息学的同学基本是陌生的,可能有的同学用这个软件作图是非常溜的,做出来的网络图也是十分的好看,“可玩性”很高,就像前面分享的aPEAR包一样aPEAR包绘制功能富集网络图。自己在前面写论文的时候也是一直在使用,以前使用的版本是3.3.0的版本。但是,时间一长,很多操作都忘记。今天,在自己的台式机上使用Cytoscape软件,想要安装插件,但是发现3.3.0这个版本安装不了。随后,在社群咨询,各位同学也给出目前各自正常使用的版本。我们也就此机会,记录一下,分享一下。

社群同学给出使用版本

注意:考虑到Cytoscape安装包下载,需要开梯子,我们这里已经下载好了对应的包,大家可以回复关键词获得链接。

后台回复关键词:20231129或Cytoscape即可获得下载链接

一、Cytoscape下载网址

https://cytoscape.org/

下载最新版本 由于最新版本,有同学反应无法下载插件,我们在这里就不安装最新的版本。下载 Old Version 下载对应的版本 我们在这里一共下载了3.8.0-3.9.1的版本. 4.下载对应的版本

注意:考虑到Cytoscape安装包下载,需要开梯子,我们这里已经下载好了对应的包,大家可以回复关键词获得链接。

二、安装软件 点击安装包 下载JAVA(若你没下载Java,可点击直接下载。PS:自己开了VPN后,下载速度还是很快的) 依次点击Netx进行安装 安装位置,任何软件不建议安装在C盘 安装成功 三、安装插件 打开Cytoscape软件 点击Apps-App manager 目前,Cytoscape中总的有252个插件搜索自己需要安装的插件名称 点击安装 安装结束后,可以在Apps进行管理和查看 下载中

PS:若你开了梯子下载速度会更快些,不开也不影响,只是速度相对慢一点而已。

插件操作学习

对于初学者,我们这里借用SCIPainter(基迪奥)中莫北老师的教程进行操作,对于初学者很是的友好.网络图分析工具Cytoscape快速上手

导入数据

2. 调整 3, 导出数据

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