小儿慢性腹泻的病因多样，可以大致分为炎症性肠病、先天性吸收不良性腹泻病、免疫缺陷疾病、过敏性慢性腹泻病和肿瘤、内分泌等相关疾病引起的慢性的腹泻病等。

炎症性肠病：为特发性、慢性肠道疾病，其病因目前尚不明确。

先天性吸收不良性腹泻病：是由先天性小肠组织或酶类、蛋白类异常引起。

免疫缺陷疾病相关腹泻：由先天性的免疫缺陷或继发于免疫紊乱性疾病引起，其反复感染多表现为呼吸道和消化道感染，其中消化道感染以慢性腹泻、吸收不良及生长发育迟缓等为表现。

过敏性慢性腹泻病：由过敏疾病引起，如食物过敏性胃肠炎和嗜酸性粒细胞性胃肠炎等。

肿瘤、内分泌等相关疾病引起的慢性的腹泻病，如甲亢和血管活性肠肽瘤等。

急性腹泻未得到及时、有效的治疗，迁延不愈，逐渐发展为慢性腹泻。

一般情况下，受凉会导致胃肠蠕动增加，消化吸收功能障碍，引起急性腹痛腹泻，益生菌、思密达或脐贴处置，注意保暖，饮食清淡，很快就可以康复，不会持续 2 个月以上。因此，小儿慢性腹泻跟受凉没有关系。

奶粉可能导致宝贝出现慢性腹泻。主要是因为乳糖不耐受和奶粉过敏这两个原因。如果说是更换奶粉或者是刚添加奶粉后马上出现的，首先考虑是奶粉过敏，可以停用奶粉或者更换氨基酸奶粉，如果停用或者更换氨基酸奶粉后，腹泻缓解，考虑奶粉过敏，建议使用氨基酸奶粉等防止过敏的奶粉。如果说是反复长期的腹泻，建议找儿科医生面诊后，根据宝宝的情况给予具体的治疗喂养建议。

辅食添加过早，容易出现食物不耐受导致腹泻。或者是宝宝的辅食结构不合理，比如摄入过多的高糖，高渗透压的果汁，容易出现腹泻，此时减少或者停用，即可缓解腹泻症状，此外，宝贝的食物中摄入的脂肪含量过少（低于每日总摄入热量的 40%），也会导致腹泻，此时适当增加每日的脂肪摄入即可。

先天性吸收不良的孩子，主要是小肠组织或酶类、蛋白类异常引起的消化吸收不良；

免疫缺陷患儿，主要由先天性免疫缺陷疾病或继发免疫系统疾病的孩子；

过敏体质的孩子，易患食物过敏性慢性腹泻。

大部分的慢性腹泻不会传染，只有慢性菌痢、肠结核、慢性阿米巴炎以及肠血吸虫病等有明确感染病原体的感染性腹泻会在特定条件下发生传染。

母乳喂养的小儿粪便可为糊状，偶有大便次数 2~5 次为正常，若次数明显增加（每日 3 次以上），且持续时间较长，需要高度警惕慢性腹泻。正常小儿 1 日 1 次左右，若大便性状改变与次数增加，需要注意。