本游戏的冒险舞台是以广大自然景观为特色的「洗翠地区」。那是尚未有宝可梦训练家或宝可梦联盟等概念的过去时代的故事，这个地方最终将被称作「神奥地区」。

主角冒险目的，是要制作这个地区第一本宝可梦图鉴。以与研究宝可梦生态的「拉苯博士」的相遇为契机，主角作为以「祝庆村」为据点进行活动的「银河队」的成员，对宝可梦的生态展开调查。

在游戏世界纵横驰骋，捕捉许多宝可梦来逐步完成图鉴这个《宝可梦》系列代代传承下来的游戏特色之外，还增加了崭新的动作要素。 配合栖息在自然环境中的宝可梦们的行动，一边隐藏一边接近，瞄准目标投掷精灵球来捕捉宝可梦，又或是以对战消耗宝可梦的体力来捕捉，带来有别于至今《宝可梦》系列的游戏特色。

另外，除了增加「刚猛」和「迅疾」等崭新的对战系统，全新登场的宝可梦，以及与在其他地区长相不同的宝可梦也会现身。 能够享受与宝可梦们的崭新冒险。

握有故事关键的宝可梦——「阿尔宙斯」 传说中孕育出世界万物的宝可梦，到底和这个故事有怎样的关系呢？