中国疾病预防控制中心从1984年开始独立招收和培养研究生。中心现有基础医学、公共卫生与预防医学2个一级学科博士硕士学位授予点，免疫学、病原生物学、放射医学、流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、少儿卫生与妇幼保健学、卫生毒理学等8个二级学科博士硕士学位授予点，以及公共卫生硕士（MPH）专业学位授予点，其中病原生物学为北京市重点学科。截至2022年11月，现有两院院士5人，研究生导师共412人，其中博士生导师107人，硕士生导师178人，MPH 导师127人，聘任研究生副导师448人。在读研究生903人（全日制博士生264人、学术型硕士生277人、MPH硕士生362人）。共授予博士学位1054人、硕士学位2960人。中心现有基础医学、公共卫生与预防医学2个博士后科研流动站，截至2022年11月，共招收博士后科研人员214人，现在站博士后10人。　　2007年以来与澳大利亚格里菲斯大学合办“中国疾病预防控制精英培养（CDCLP）”奖学金项目，已有五批共计58名公共卫生专业人员赴澳参加学习，其中33人获得了MScPH（格里菲斯大学）硕士学位。2002-2022年11月，中心共举办国家级继续医学教育项目1132项，培训学员13万余人次，其中传染病预防控制国家级继续医学教育基地项目205项、培训学员近2万人次。2001-2022年，中国现场流行病学培训项目（CFETP）累计招收21期共444名两年制学员，累计有380名学员毕业；2016年以来已招收7期中级FETP学员（学制9个月）共279名学员，221名学员已毕业。绝大多数毕业学员已成为各级疾控中心等专业机构的业务骨干。