万能转换:R图和统计表转成发表级的Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等

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万能转换:R图和统计表转成发表级的Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等

2024-07-13 03:20:20| 来源: 网络整理| 查看: 265

R包export可以轻松的将R绘制的图和统计表输出到 Microsoft Office (Word、PowerPoint和Excel)、HTML和Latex中,其质量可以直接用于发表。

你和PPT高手之间,就只差一个iSlideExcel改变了你的基因名,30% 相关Nature文章受影响,NCBI也受波及特点 可以用命令将交互式R图或ggplot2、Lattice或base R图保存到Microsoft Word、Powerpoint或其他各种位图或矢量格式。完全可编辑的Powerpoint矢量格式输出,支持手动整理绘图布局。将统计分析的输出保存为Excel、Word、PowerPoint、Latex或HTML文档的表格形式。自定义R输出格式。安装

export包可以在Windows、Ubuntu和Mac上跨平台运行。不过有些Mac发行版默认情况下没有安装cairo设备,需要自行安装。如果Mac用户已安装XQuartz,这个问题就解决了,它可以从https://www.xquartz.org/免费获得。

官方CRAN发布代码语言:javascript复制install.packages("export")

该包主要包括以下几种转换

graph2bitmapgraph2officegraph2vectorrgl2bitmap 转换3D图table2officetable2spreadsheettable2texgraph2bitmap: 将当前R图保存到bmp文件中graph2png: 将当前R图保存到png文件中graph2tif: 将当前R图保存到TIF文件中graph2jpg: 将当前R图保存为JPEG文件

使用帮助信息如下:

代码语言:javascript复制graph2bitmap(x = NULL, file = "Rplot", fun = NULL, type = c("PNG","JPG", "TIF"), aspectr = NULL, width = NULL, height = NULL, dpi = 300,scaling = 100, font =ifelse(Sys.info()["sysname"] == "Windows", "Arial", "Helvetica")[[1]], bg = "white", cairo = TRUE, tiffcompression = c("lzw", "rle", "jpeg", "zip", "lzw+p", "zip+p"), jpegquality = 99, ...) aspectr: 期望纵横比。如果设置为空,则使用图形设备的纵横比。width: 所需宽度(英寸);可以与期望的纵横比aspectr组合。height: 所需高度(英寸);可以与期望的纵横比aspectr组合。scaling: 按一定比例缩放宽度和高度。font: PNG和TIFF输出中标签所需的字体; Windows系统默认为Arial,其他系统默认为Helvetica。bg: 所需的背景颜色,例如“白色”或“透明”。cairo: 逻辑,指定是否使用Cairographics导出。tiffcompression: 用于TIF文件的压缩。jpegquality: JPEG压缩的质量。准备开始

安装完 export包后,先调用该包

代码语言:javascript复制library(export) 用ggplot2绘图代码语言:javascript复制library(ggplot2) library(datasets) 代码语言:javascript复制x=qplot(Sepal.Length, Petal.Length, data = iris, color = Species, size = Petal.Width, alpha = I(0.7))

qplot()的意思是快速作图,利用它可以很方便的创建各种复杂的图形,其他系统需要好几行代码才能解决的问题,用qplot只需要一行就能完成。

使用半透明的颜色可以有效减少图形元素重叠的现象,要创建半透明的颜色,可以使用alpha图形属性,其值从0(完全透明)到1(完全不透明)。更多ggplot2绘图见ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色) (往期教程更有很多生物信息相关的例子)。

鸢尾花(iris)是数据挖掘常用到的一个数据集,包含150个鸢尾花的信息,每50个取自三个鸢尾花种之一(setosa,versicolour或virginica)。每个花的特征用下面的5种属性描述萼片长度(Sepal.Length)、萼片宽度(Sepal.Width)、花瓣长度(Petal.Length)、花瓣宽度(Petal.Width)、类(Species)。

在console里展示数据图 (长宽比自己调节):

导出图形对象代码语言:javascript复制# 需运行上面的ggplot2绘图 # Create a file name # 程序会自动加后缀 filen


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