在女性中，衣原体感染的并发症包括

输卵管瘢痕形成

输卵管感染（输卵管炎）

盆腔和腹腔内膜感染（腹膜炎）

肝脏周围区域感染

感染可能扩散到生殖道并影响子宫、连接卵巢和子宫的管道（输卵管），以及有时影响卵巢周围区域。在某些女性中，感染可扩散至盆腔和腹腔的内膜（腹膜），导致腹膜炎。这些感染称为盆腔炎 (PID)，可引起严重的下腹痛，有时还会导致发热。有时候，感染聚集在腹部右上方的肝脏周围，导致疼痛、发热和呕吐——称作 Fitz-Hugh-Curtis 综合征。

盆腔炎的潜在并发症包括全身严重感染（脓毒症）、慢性腹痛和输卵管瘢痕形成。瘢痕形成可导致不孕不育和错位（异位）妊娠。

在男性中，衣原体感染的并发症包括

附睾感染

尿道狭窄

衣原体感染可引起附睾感染（附睾炎）。附睾是每个睾丸上方的盘管（参见图从阴茎到附睾的途径）。这种感染可导致阴囊的一侧或两侧疼痛肿胀。由于瘢痕形成，感染可导致通过阴茎（尿道）的尿液通路变窄。

在所有人中，衣原体感染的并发症可能包括

覆盖在眼白表面的薄膜感染（结膜炎）

反应性关节炎

生殖器的衣原体感染偶尔可引发关节炎症，称为反应性关节炎。反应性关节炎通常仅累及一个关节或同时累及少数几个关节。膝关节和其它腿部关节是最常受累的关节。炎症似乎是生殖道感染的免疫反应，而不是关节感染的传播。衣原体感染症状通常开始于最初感染后的1〜3周。反应性关节炎有时会伴有其他问题，如足部皮肤变化、眼睛问题和尿道炎症。

图片由 Susan Lindsley 通过美国疾病控制与预防中心公共健康图像库提供。

在新生儿中，衣原体感染的并发症包括

结膜炎

肺炎

分娩时，如果母亲有宫颈衣原体感染，新生儿可能感染衣原体。在新生儿中，感染可能导致肺炎（新生儿肺炎）或结膜炎（新生儿结膜炎）。

从阴茎到附睾的通路

在男性中，微生物偶尔会经过尿道上行，进入输送精子的管道（输精管），从而感染睾丸上方的附睾。