塔里木河是一条典型的干旱区内陆河。河流干流全长1321km。其中，阿克苏河、叶尔羌河和和田河三源流汇合口至英巴扎断面为上游段，河长495km;英巴扎断面至恰拉断面398km,为中游段；恰拉断面以下到台特马湖428km为下游段。在最近40多年里，塔里木河干流出现了断流，且断流情势不断恶化。特别是在最近的20年里，塔里木河断流位置已经由下游的恰拉断面上溯到中游的英巴扎、甚至上游段的新渠满断面，断流上移了约770km。

根据实测资料分析，塔里木河干流断流的主要特点如下：

1.塔里木河自20世纪70年代初大西海子水库建成后，其下游321km的河道开始出现断流，台特马湖也于1974年干涸。20世纪90年代后，断点上移到塔里木河下游的恰拉断面。断流河长由20世纪70年代的321km增加到428km,断流时间由1990年的16天发展到1995年的67天，20世纪90年代平均每年断流达70天之多，2000年增至127天。

2.2001年位于塔里木河干流中游的英巴扎断面出现断流，2004〜2008年五年断流时间分别为66天、81天、25天、188天和228天，断流河道长增加至826km。

3.2007年塔里木河干流上游段的新渠满断面出现间歇性断流，2008年新渠满断面连续断流14天，断流河道增长到1100km;2009年断流点继续上移至新渠满断面以上位置，断流距离超过1200km。

塔里木河断流的主要原因是上游来水的减少。从汇人塔里木河干流的水量分析，20世纪50〜60年代，阿克苏河、和田河、叶尔羌河三源流汇人塔里木河的水量约为61亿m3，而到90年代末，减少到44亿m3,40年减少了17亿m3，以平均每年4250万m3的速度减少。加之塔里木河干流中、上游随意开荒取水，耗水量不断增加，致使到达下游恰拉断面的水量日益减少，由20世纪50〜60年代的12.7亿m3减至90年代末的2.48亿m3 。事实上，塔里木河自20世纪90年代就已经成为一条季节性河流了。

塔里木河断流引起了周边生态环境的显著恶化，在20世纪90年代以后日益受到重视，国务院于2001年批准对塔里木河流域实施近期综合治理。2000〜2010年间，塔里木河流域先后实施了11次生态输水，从大西海子水库向塔河下游累计下泄水量26.6亿m3,8次将水输到台特马湖，结束了塔里木河下游河道连续断流近30年的历史，有效改善了下游生态环境。