全基因组测序 (whole genome sequencing, WGS)从1977年发展至今,已成为一种快速、低成本获取生物体全基因组的方法[1].WGS可发现基因组变异,在微生物的分类鉴定中应用广泛[2].WGS经历了三代技术革新,二代测序和三代测序的结合已成为目前最广泛的杂交测序方法[3-4].杂交测序一方面使用长读长跨越重复序列或缺口,另一方面使用短读长纠正测序中错误的碱基[5].GenBank数据库中完成 WGS的菌株越来越多,用传统的DNA文库或PCR扩增的方法无法获得的质粒可由 WGS数据进行组装,但组装质粒的正确性和完整性需要进一步鉴定和分析.从 WGS中准确识别染色体序列和质粒序列是质粒鉴定分析的先决条件[6].WGS可获得高质量的质粒序列,但很多组装质粒并不一定真实存在,质粒的组装仍存在较多问题,且尚未被解决,需改良 WGS后的组装.本文对 WGS技术的发展、WGS后质粒的组装、质粒的鉴定及质粒组装中存在的问题进行综述.