甲状腺功能减退症可能是

原发性

继发性

甲状腺自身疾病导致原发性甲状腺功能减退。在美国，最常见的病因是

桥本氏甲状腺炎：随着甲状腺逐渐被破坏，出现甲状腺功能减退。

原发性甲状腺功能减退的其他病因包括

甲状腺发炎（甲状腺炎）

治疗甲状腺功能亢进或甲状腺癌

碘缺乏

头颈部辐射

阻止甲状腺足量生成或分泌激素的遗传性疾病

甲状腺炎症（甲状腺炎）可导致永久性或暂时性甲状腺功能减退，具体取决于病因。桥本氏甲状腺炎会逐渐破坏甲状腺，通常会导致永久性甲状腺功能减退。亚急性甲状腺炎很可能是病毒感染引起的。产后自身免疫性炎症（无痛性淋巴细胞性甲状腺炎）是另一个病因。在亚急性甲状腺炎和无症状性淋巴细胞性甲状腺炎中，甲状腺功能减退通常是短暂的，因为甲状腺未被破坏。

治疗甲状腺功能亢进或甲状腺癌会导致甲状腺功能减退，因为治疗中使用的放射性碘或药物会削弱机体生成甲状腺激素的能力。手术切除甲状腺会导致缺乏甲状腺激素的生成。

在盐中未加碘的国家/地区，饮食中长期缺乏碘，这是甲状腺功能减退的最常见原因。但缺碘引起甲状腺功能减退的情况在美国比较罕见，因为在食盐中添加了碘，同时还用碘对奶牛的乳房消毒，从而使乳制品也含有碘。

通常作为癌症放疗给予的头颈部辐射还会导致甲状腺功能减退。

甲状腺功能减退的较罕见病因包括某些遗传性疾病，其中甲状腺细胞中的酶出现异常，从而阻止甲状腺足量生成或分泌甲状腺激素（另见婴儿和儿童甲状腺功能减退）。

继发性甲状腺功能减退的病因是垂体不能分泌足够的促甲状腺素（TSH），而TSH是刺激甲状腺分泌甲状腺激素所必需的。继发性甲状腺功能减退比原发性甲状腺功能减退更为罕见。