Alpha多样性（样本内多样性 Alpha Diversity）（一般指生境内物种的多样性程度，即不侧重于比较，而只是评估生境内的多样性程度。）是对某个样品中物种多样性的分析，包含样品中的物种多寡——丰富度（Richness）和样品中各个种的相对密度——均匀度（Evenness）两个因素，

通常用Richness,Chao1，Shannon，Simpson，Dominance和Equitability等指数来评估样本的物种多样性。

丰富度指数

Richness, Chao1，Shannon三个指数是常用的评估丰富度的指标，数值越高表明样品包含的物种丰富度就越高。

Richness指数: 指样本中被检测到的OTU量；

Chao1指数 : 通过低丰度OTUs来进一步预测样品中的OTUs数量；

Shannon指数 : 计算考虑到样品中的OTUs及其相对丰度信息，

通过对数（如以2为底的shannon_2，以自然对数为底的shannon_e

以10为底的shannon_10）转换来预测样品中的分类多样性。

均匀度指数

Simpson，Dominance和Equitability三个指数是常用的评估均匀度的指标。

Simpson指数 : 表示随机选取两条序列属于同一个分类（如OTUs）的概率（故数值在0~1之间），

数值越接近1表示表明OTUs的丰度分部越不均匀；

Dominancez指数 : 取值为1-Simpson，表示随机选取两条序列属于不同分类（如OTUs）的概率；

Equitability指数: 根据Shannon指数值计算，当其值为1时表明样品中的物种丰度分布绝对均匀，

而其值越小这表明物种丰度分布呈现出越高的偏向。

意义：

多样性指数是群落丰度的指标，指数越高，该群落越稳定，种群间联系越紧。