台湾本岛的分水岭（中央山脉与雪山山脉）主要偏东，故河川东短西长。又因南部的冬夏季雨量较为不平均，故南部在冬季时经常因降雨量过少造成枯水期，常形成“野溪”，不适合航行。一般而言，台湾的河川具有下列特征：河身短、坡度大、水流急，最长的浊水溪长仅186公里，而坡度则达四十六分之一。洪峰流量十分庞大，面积两三千平方公里的集水区域，经常出现每秒一万立方公尺以上的洪水量。河流含沙量大，如浊水溪因而得名。河阶、谷中谷、嵌入曲流、隆起冲积扇等回春地形显著。

目前台湾河川的主管单位为中华民国经济部水利署，其列管河川分为中央管河川、跨省市河川及县（市）管河川三级，包括中央管河川26水系、跨省市河川2水系（淡水河、磺溪）及县（市）管河川92水系（其中2水系为其他水系支流），合计列管116独立水系[1]。而地图上绘出河道且标示名称但未列管，或是被归属至“排水”体系的河川，则略大于此数。至于地图上未标示名称或未绘出者，则难以计数。

以下依出海口位置逆时针顺序列出全台湾各行政区独立水系（含较长支流）及其出海口两侧行政区[2]。