南京南站位于雨花台区与江宁区交界处、南京绕城公路以南，机场高速以东，衔接京沪高铁、宁杭高铁、合宁线等，并通过联络线连接沪宁城际。南京南站站场规模15台28线，采用线上高架候车。站房分高架候车层、站台层、出站综合交通换乘层、站房设备地铁站厅商业开发层、地铁站台层，南北广场各有高架桥与候车大厅相连。

　　车站三楼为候车大厅，设普通候车室、无障碍候车室、团体候车室、城际换乘候车室和贵宾候车室。候车大厅与进站通道相连，乘客检票后，可通过电梯或自动扶梯到站台乘车。

　　南京南站地面层为换乘广场，地铁在此进出站，南北两侧为公交车上客区，东西两侧为出租车、社会车辆上客区，广场南侧还有一个机场快客停靠带，可直接去禄口机场，公路客运南站设在南广场，实现了铁路、公交、地铁、长途客车和机场大巴的“零距离”换乘。