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生信入门（六）——单细胞分析（Seurat）
文章目录
生信入门（六）——单细胞分析（Seurat）一、数据导入1、数据来源2、数据导入
二、标准预处理1、QC和选择细胞进行进一步分析2、规范化数据3、识别高度可变的特征（特征选择）4、缩放数据
三、主成分分析（PCA）1、线性降维2、确定数据集的“维度”
四、聚类细胞五、非线性降维（UMAP/tSNE）六、寻找差异表达的特征（簇生物标志物）
一、数据导入
1、数据来源
点击此处下载数据 数据说明：分析10X Genomics提供的外周血单细胞（PBMC）数据集，有2700个单细胞在illuminate NextSeq500上测序 2、数据导入 setwd("D:/RData/prac004") # BiocManager::install("Seurat") library(Seurat) library(dplyr) library(patchwork) # 导入数据 pbmc.data |
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