全国肝胆医院排名前十名的有北京协和医院、四川大学华西医院、中国人民解放军总医院等。北京协和医院肝脏外科是国内开展肝脏切除手术最早的医院之一，成功诊治了世界首例的肝脏原发上皮-肌上皮癌病例；四川大学华西医院肝胆胰外科是全国乃至亚洲相关领域研究最系统、最广泛和最深入的基地；中国人民解放军总医院肝胆胰外科医学部享有盛誉的肝胆胰外科中心，机器人肝胆胰年手术量稳居世界首位。

北京协和医院肝脏外科是国内开展肝脏切除手术最早的医院之一。科室开展的治疗项目包括肝脏良恶性疾病的诊断和治疗、肝脏移植、腹部疑难杂症及其它相关疾病的诊治等。依托医院强大的综合诊治平台，科室成功的诊治了各种肝胆系统疑难杂症，包括世界首例的肝脏原发上皮-肌上皮癌病例。

四川大学华西医院肝胆胰外科目前已经成为一个技术力量雄厚，人才梯队合理，在国内具有重要影响力和学术地位的学科。科室以疑难肝胆胰疾病的诊治和微创手术为特色。在全世界首先提出胆道蛔虫病并成功为病人施行手术；在国内首先提出重症化脓性胆管炎分级诊断标准和治疗原则。首先建立化脓性胆管炎和肝内胆管结石动物模型，以它为载体对胆石成因的研究已经深入到基因水平，是全国乃至亚洲相关领域研究最系统、最广泛和最深入的基地。

中国人民解放军总医院肝胆胰外科医学部是集肝胆胰战创伤救治、疑难危重病诊治、临床科技创新和军地高层次人才培养为一体的享有盛誉的肝胆胰外科中心。微创手术尤其是机器人手术是学部核心技术特色，机器人肝胆胰年手术量稳居世界首位。复杂胆道病的外科治疗始终位居国际领先水平。在国际上率先报道腹腔镜肝门部胆管癌根治术。

上海交通大学医学院附属瑞金医院肝胆外科是上海市重点学科，国内最早成功开展临床肝移植的单位，同时拥有国际先进的达芬奇机器人系统、术中放疗仪等设备。现拥有一批国内外著名的外科学专家教授。有十余人先后担任全国胃癌、结直肠癌、腹腔镜、胆道或胰腺外科学会（或学组）的正副主任委员或委员、中华外科或上海市外科学会委员、上海市普外科学会主任委员、委员等职。

华中科技大学同济医学院附属同济医院肝脏外科建立了湖北省肝脏外科医学临床研究中心，在湖北省最早开展血管外科业务。常规开展肝脏疾病手术、移植、微创及免疫治疗，血管疾病的专业化综合治疗等诊疗项目，尤其擅长治疗原发性肝癌、转移性肝癌、肝血管瘤、肝囊肿、肝硬化等疾病。

浙江大学医学院附属第一医院肝胆胰外科为全国规模最大的肝胆胰中心之一，为国家重点学科、国家临床重点专科；是国家首批博士学位授权学科、国家“211工程”重点建设学科和博士后流动站。各类疑难复杂肝胆胰手术、腹腔镜及机器人微创手术的完成数量均居省内领先、全国前列。

中山大学附属第一医院肝胆胰外科中心是住院医生规范化培训的主要教学基地之一，是该院普通外科的重要分支。临床主要收治肝胆胰外科疾病病人，包括肝脏、胆道、胰腺的良性和恶性肿瘤，主要有原发性肝癌、胆管癌、胰腺癌、胆囊癌、肝内外胆管结石、胆囊结石、胰腺良性肿等。

北京大学人民医院肝胆外科，多年来一直在肝胆外科领域享有盛誉，现为国家211工程、卫生部重点专科、国家教委博士点学科。学科作为国内最早致力于肝硬化门静脉高压症及肝癌治疗的医疗机构，在肝、胆、胰、脾等疾病治疗领域长期居于国内领先地位，并为全国各地培养了大批肝胆外科学科骨干。

西京医院肝胆胰脾外科是国家首批硕士、博士学位授权学科，是外科学博士后流动站。在2019年度中国医院专科声誉排行榜中名列第十。是国家教育部“211工程”重点建设学科、陕西省优势医疗专科和陕西省重点学科、国家重点培育学科、中国人民解放军器官移植研究所、国家卫健委原发性肝癌诊疗示范基地（首批）、国家腹腔镜外科医师培训基地、国家卫健委普通外科专科医师培训基地，同时成立了微创治疗中心、肝癌多学科综合治疗中心、胰腺疾病多学科协作诊疗中心、加速康复外科治疗中心、中国肥胖代谢外科培训中心等。