Reactome是一个免费、开源、数据经过手动筛选和同行评审的生物分子通路知识数据库 。通路注释则是由生物学专家与 Reactome 编辑人员合作编写，并与许多生物信息学数据库交叉引用，确保所有结果都有原始文献的支持。Reactome数据库交叉引用了100多个不同的在线生物信息学资源，包括NCBI、Ensembl和UniProt数据库、UCSC基因组浏览器、ChEBI小分子数据库和PubMed文献数据库等。

我们可以在图中搜索框中输入感兴趣的蛋白名称、基因名称、通路名称等等关键词，Reactome数据库会为我们尽可能地展示数据库中与之相关的信息。

如上图中，我们输入了感兴趣的基因，网站便会为我们弹出基因对应的物种信息，通路信息等等，之后，我们就可以逐级往下，了解更为详细的信息。

从首页进入Pathway Browser，Reactome数据库将所有通路绘制成了有向无环图，方便用户找到自己感兴趣的通路与其他通路的关系，如下图所示：

让我们来从左到右依次介绍页面的构成。最左边框展示的是Reactome所有的通路信息，其中每个名称都是一个大类，点击名称，右边的通路图就会自动聚焦到相应通路上，如下图：

再看到中间框的左上角，我们可以通过在搜索框内输入感兴趣的通路，这样Reactome也会将通路图聚焦到对应位置上。除了通路以外，我们可以输入感兴趣的基因，Reactome则会自动弹出与该基因相关的通路，这样能更方便老师们进行研究。

让我们继续看中间框和下方框两个部分。在前文中，我们提到如何寻找自己感兴趣的通路，如何才能知道具体通路的信息呢？很简单，直接点击中间框中你想要了解信息的通路，然后下方框就会展示具体的通路信息，信息包括通路描述、参考文献、分子组成、结构以及人体内的表达信息，如下图所示：

除了上文中的检索功能，Reactome的分析功能同样强大，我们从首页进入Analysis Tool模块，在框内输入感兴趣的基因或蛋白名称（Reactome支持多个基因或蛋白进行富集分析），如下图所示：

点击continue，进入下一个页面。其中，Project to human表示的是将非人的数据对应回人的数据，以得到更多的信息；而Include interactors表示的是从IntAct数据库中导入蛋白相互作用的数据。两者的目的都是为了使结果更为丰富，所以老师们可以根据需要来选择。

在调整好参数后，就可以点击右下方的分析按钮。

在通路图的下方就会弹出富集分析的结果，表格从左至右依次代表通路名称、富集到通路的基因个数、通路基因总数、富集因子、P值、FDR值、与通路相关联的其他通路个数、与通路相关联的其他通路总数、物种名称。

当然，Reactome也提供了贴心的下载功能，并且Reactome会根据结果自动生成分析报告。

参考文献：

Gillespie M, Jassal B, Stephan R, et al. The reactome pathway knowledgebase 2022[J]. Nucleic acids research, 2022, 50(D1): D687-D692.

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