细菌或原核生物16S |
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细菌核糖体RNA(rRNA)有三种类型:5S rRNA(120bp)、16S rRNA(约1540bp)和23S rRNA(约2900bp)。5S rRNA基因序列较短,包含的遗传信息较少,不适于细菌种类的分析鉴定;23S rRNA基因的序列太长,且其碱基的突变率较高,不适于鉴定亲缘关系较远的细菌种类;16S rRNA普遍存在于原核细胞中,且含量较高、拷贝数较多(占细菌RNA总量的80%以上),便于获取模板,功能同源性高,遗传信息量适中,适于作为细菌多样性分析的标准。 16S rRNA编码基因序列共有10个保守区和9个高可变区。其中,文献中常用的区域是V1-V2,V3-V4,V4-V5等区域。 细菌16S rRNA基因序列组成及引物选择 微基生物进行人体健康相关的研究与应用: 细菌16S rRNA 真核18S rRNA 古细菌16S 真菌ITS 功能基因 细菌或原核16S rRNA 真核生物18S rRNA 古细菌16S rRNA 真菌ITS 功能基因 微基生物提供与人体健康相关的生信/统计服务: 生物信息与统计学分析 物种组成图 (样品群落结构分析柱状图、多样品对比树图、样品群落结构分析柱状图) 微生物多样性分析/宏基因组 LEfSe差异分析 PCA差异分析 RDA环境因子分析等 更多微生态方向研究和生物信息方面服务,请详询:400-660-9270 细菌多样性分析的流程图如下:![]() 收集目前世界上最全面的三大微生物rRNA基因信息数据库。 高通量测序目前市面上常用的用于研究环境微生物的高通量测序平台有Illumina,BGI,PacBio和Thermo Ion。针对于细菌的16S rRNA基因序列分析,Illumina 测序平台凭借其测序读长长、测序周期短、通量大等特点,成为使用最为普遍的测序平台。 微基生物是国内首家采用Illumina MiSeq 2×300 bp平台进行微生物生态研究,其最大读长可达到550 bp,适合对V3、V4、V5区及V3-V4、V4-V5区进行测序分析。 生信/统计分析![]() 案例分析 标题:由长期的土壤移植引起的纬度和气候变化明显改变了土壤微生物的变化率
(2)由土壤移植引起的土壤微生物的变化 微生物随时间衰减的斜率可以用来衡量微生物群落的相似性。本研究中,在各个样本的微生物群落中都存在显著的的时间衰减关系。向北、向南移植的土壤中,微生物随时间衰减的斜率均比原位土壤的斜率大,尤其是在向南移植的土壤中。
随着温度的升高/降低,微生物的变化率也相应地增加。随着土壤向南移植,气候变暖,微生物群落的波动性增大,微生物群落的变化增加。向南移植对土壤微生物群落的变化具有出更好的效果。有趣的是,研究还发现细菌群落(门水平)的改变与分类学的分度有关。其中变形菌门、拟杆菌门和疣微菌门与门的丰度呈负相关,而酸杆菌门、放线菌门、后壁菌门和浮霉菌门与门的丰度呈正相关。
(3)细菌群落及系统进化树分析 在为期六年的试验中,三个样本共检测出78个OTUs,其OTU的数量非常少,分属于9个门。用MEGA 5作系统进化树,如下图所示。
其中,酸杆菌门中的Gp4和Gp6、节细菌属、硝化螺菌属、鞘氨醇单胞菌、Fervidicoccus、Sphingosinicella、Steroidobacter和Terrimonas是主要菌群。
(4)微生物演替与环境因子的关系
微生物的演替与环境因子之间的关系用CCA分析如下。结果表明,向北移植的土壤中,微生物群落的多样性与土壤的物理化学因子有关;而向南移植的土壤中,微生物群落的多样性受温度和降水的影响较大。 |
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