1、内涵不同。

按照《辞海》的解释，“体制”是指国家机关、企业和事业单位在机构设亩宴桥置、领导隶属关系和管理权限划分等方面的体系、制度、方法、形式等的总称; 

“机制”原指机器的构造和运作原理，借指事物的内在工作方式，包括有关机构组成部分的相互关系以及各种变化的相互联系。两者的中心语和使用范围不一样，“体制”指的是有关组织形式的制度。

限于上下之间有层级关系的国家、国家机关、企事业单位，例如经济体制、政治体制、教育体制、体制改革等；“机制”由有机体喻指一个工作系统的组织机构或部分之间相互作用的过程和方式，例如市场机制、竞争机制、用人机制等。

二、各自与制度的关系不同。

体制，通常指体制制度迅猛，是制度形之于外的具体表现和实施形式，是管理政治、经济、文化等社会生活各个方面事务的规范体系。例如经济体制、军事体制、教育体制、科技体制等。

制度决定体制内容并由体制表现出来，体制的形成和发展受制于制度，又对制度的实施和完善具有重要作用。而“机制“通常指使制度发挥功能的实践，机制是从属于制度的。机制通过制度系统内部组成要素按照一定方式的相互作用实现其特定的功能。

机制的运行规则都是人为设定的，具有强烈的社会性。如，竞争机制、市场机制、激励机制等。机制的建立离不开制度与体制，同时又有助于制度与体制的运行和实现。

三、在社会结构中所处的层面不同，功能定位和发挥的作用也不同。

相对于处于宏观层面的制度而言，体制位于社会体系的中观层面，侧重于表述“制度系统”，具有格局和规则两方面的含义，如管理体制。

首先是指一定的组织格局，其次这个组织格局或蕴含或影响着这个组织为实现管理功能而进行运作的功能;机制位于社会体系的微观层面，侧重于表述“制度运行”，机制一般体现在微观的制度和政策，是可以“设计”出来、“执行”起来的，具有实际操作的意义。

体制与机制具有相互作用的关系。一方面，体制决定着机制，也包含着机制，体制是机制发挥作用的前提条件；另一方面，一定的体制只有依赖与之相适应的运行机制才能实现。

因此，全面深化体制改革，必须建立健全相应的关键机制，如《深化科技体制改革实施方案》中就明确提出：建立技术创新的市场导向机制;完善科研组织与管理机制；改革人才培养、评价和激励机制，健祥戚全促进科技成果转化的机制、建立健全科技和金融结合机制、构建统筹协调的创新治理机制，等等。