第一卷《启跸京师》

全长约为19.8米，本卷以“御制辛未孟春奉皇太后南巡启跸京师近体言志”为题，描绘乾隆十六年正月十三日，乾隆皇帝奉太后从乾清门启銮，经大清门出正阳门，沿西河沿大街西行，转出广宁（安）门，过宛平县拱极城、卢沟桥、长新(辛）店，止于良乡黄新庄行宫的场景。

第二卷《过德州》

全长约为12.5米，本卷以“御制过德州作”为题，重点描绘乾隆皇帝乘轿从山东德州附近的一座浮桥过运河的情景，并展现了刚修整一新的德州古城。

第三卷《渡黄河》

全长约13.6米，本卷主要描绘乾隆皇帝在淮安府清河县（今属江苏淮安市淮阴区，当时黄河流经此地）徐家渡大营起行，经杨家庄，在孙家码头坐船渡黄河至对岸的彭家码头的情景。

第四卷《阅视黄淮河工》

全长约为11.6米，本卷以“御制恭依皇祖揽黄淮诗韵”为文，描绘乾隆皇帝渡过黄河后，当日和次日视察黄河、淮河、运河和洪泽湖四大水系汇合处险要工程的场景。

第五卷《金山放船至焦山》

全长约10.8米，本卷描绘乾隆皇帝从金山乘船到焦山，一路游览长江胜景的场景。

第六卷《驻跸姑苏》

全长约为21.7米，本卷描绘乾隆皇帝在苏州胥门外舍舟登岸，经胥门进入苏州城（当晚驻跸苏州织造署行宫），重点展现苏州阊门到胥门一带的繁华景象。

第七卷《入浙江境到嘉兴烟雨楼》

全长约为9.5米，本卷展现的主题为“入浙江境”，描绘御舟在江苏吴江县和浙江秀水县的交界处进入浙江境，止于嘉兴南湖烟雨楼的场景。

第八卷《驻跸杭州》

全长约为11.3米，本卷据“御制三月朔日车架至杭州驻跸之作”而成，重点描绘杭州城的繁华以及南巡队伍游览西湖苏堤的情景。

第九卷《绍兴谒大禹庙》

全长约12.4米，本卷据“御制谒大禹庙恭依皇祖元韵”而绘，画面起于绍兴府城，出东门，穿过街市和乡村，止于会稽山麓的大禹庙

第十卷《江宁阅兵》

全长约9.2米，本卷主要描绘乾隆皇帝在江宁（南京）大阅驻防八旗满汉军和绿营兵的情形。

第十一卷《顺河集离舟登陆》

全长约为12.4米，本卷表现的主题是“顺河集离舟登陆”，描绘乾隆皇帝在顺河集离舟登陆，乘马北归，着重描写当地的乡村景色

第十二卷《回銮紫禁城》

全长约9.8米，本卷为“回銮紫禁城”，重点描绘南巡队伍从端门到午门的这一段路程。卷尾为《乾隆南巡图》作者徐扬写于乾隆四十一年夏五月的跋。