R语言零基础基因/数据差异分析(一)

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R语言零基础基因/数据差异分析(一)

2024-07-14 21:16:13| 来源: 网络整理| 查看: 265

文章目录 介绍环境搭建软件下载 结果展示基因数据下载流程基因数据处理 利用GEO分析绘制拟火山图 注意,本 系列 有连贯性,每一步都很详细,每一步都很重要,请耐心读完!!

如果你出现了其他错误,或有疑问,请在评论区留言。最好不要私信发送,消息经常被屏蔽。

介绍 本系列文主要依据真实论文制图流程,详细说明制图过程, 其中包括: 1. 基因数据下载 2. 制图所需数据格式 3. 火山图制作流程 4. 聚类热图制作流程 环境搭建 软件下载

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结果展示

基因数据处理 在这里插入图片描述 在这里插入图片描述 注意删除末行注释

基因数据下载流程

以GSE137578基因为例,先下载 如图所示文件,并解压如图。 1.点击下载 2.点击下载 3.新建一个excel,并将解压好的文本拖进去。 在这里插入图片描述 4.注意,打开后,此时我们需要对数据进行处理。 打开后文件

基因数据处理 1. 在以 !开头的行,均是**注释行**,要全部删除,如图示, 2. 删除方法:选择好区域后,右键,删除整行即可

未修改前 删除之后: 删除后 注意,尾部图片选择的整行都要删除: 删除选择部分 删除尾部结果: 结果

对于上述数据,我们所需要数据结构模样如上。 注意,我们上述下载的是基因实验数据,它用于绘制热图,这在第三章会详细说明,这里点击另存CSV即可。 注意保存位置

利用GEO分析绘制拟火山图

1.点击分析  2. 如图步骤, 1.按住 Shift 选择组别, 2.标记组别 3.如此选择完你的组别 在这里插入图片描述 3. 进行分析  4.注意下面我们要绘制的火山图模样,我们点击下载表格即可 在这里插入图片描述 4. 文件格式是 tsv,我们利用excel打开,注意,在绘制热图时,我们需要它,所以,请进行备份! 5. 在这里,我们只保留以下列,注意记住以下列的名字,这非常重要,它将决定代码是否成功运行! 保留的列头行名:

GB_ACC(这是基因名,每个文件有所不同,按己索需)P.Value(这里改名为FDR)logFCadj.P.Val 你只要记住你要保留的每行头个单元名称即可,至于是什么,自己可决定。 我们如下整理,请将非数据列放到开头。  注意名称和另存格式  之后,我们将利用此绘制火山图。


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