总体部

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　　软件基础研究部 

        ——基础软件与系统重点实验室（计算机科学国家重点实验室）

　　         ——量子软件研究室 

        ——并行软件与计算科学实验室 

        ——可信计算与信息保障实验室 

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　　软件高技术研究部 

        ——基础软件国家工程研究中心 

        ——中文信息处理实验室

        ——软件工程技术研究开发中心 

        ——人机交互技术与智能信息处理实验室 

        ——智能博弈重点实验室（原互联网软件技术实验室）

        ——智能软件研究中心

        ——时空数据管理与数据科学研究中心

        ——基础软件测评实验室

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　　软件应用研究部 

        ——天基综合信息系统全国重点实验室

        ——卫星导航应用国家工程中心分中心 

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　　软件发展研究部

        ——协同创新中心 

        ——集成创新中心