感兴趣的蛋白,如何研究它的结构 |
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筛选出的蛋白怎么去进一步研究它呢?很多人还只停留在定量水平,蛋白质表达量肯定是一个值得考虑探究的因素,但是蛋白质的空间结构与其功能更是相关;蛋白质结构预测你会吗?今天给你分享一款很实用的蛋白结构、功能和变异预测分析的在线工具,感兴趣的小伙伴认真看一下吧! Phyre2简介Phyre2是Phyre的升级版,主要使用远程同源检测的方法对蛋白序列进行3D建模,预测配体结合位点和氨基酸变异影响( nonsynonymous SNPs),Phyre2分析功能强大,界面简洁,操作简单,是一款很实用的蛋白结构、功能和变异预测分析的在线工具。 Phyre2蛋白建模方法蛋白的建模常见有三种方法:1. 同源建模法(homology modeling);2. 线串法(threading);3. 重头预测法(ab initio);其中同源建模法是使用最为广泛的一种方法。 Phyre2有两种建模方式Normol mode和Intensive mode;Normol mode就是常规的同源建模,建模算法示意图如下: Intensive mode综合了同源建模法和重头预测法两种算法,在Normol mode的基础上建立更完整的模型(full-length model),建模步骤如下图。 更多信息请查阅原文献:https://www.nature.com/articles/nprot.2015.053 Phyre2的使用Phyre2网址:http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index。 打开Phyre2网址,页面如下,网站无需注册即可使用,操作也非常简单,如下图,首先留下通信邮箱,以接收分析结果;然后给本次任务(Job)命名,再粘入蛋白序列,建模方法一般默认Modelling mode,最后一项任务用途默认other即可,最后点击Pryre Search开始预测任务。 一般情况下建模比较耗费时间,一般需要30min-2小时不等,不过此时,我们可以关闭此页面,任务已在网站服务器运行了,不必一直打开网站。 Phyre2的结果展示收到的结果反馈邮件主要结果如下,附件是pdb格式的蛋白模型文件,具体序列分析、二级结构、结构与分析等信息点击网页版结果文件链接即可打开。 网页版结果文件链接打开如下图: 1. 序列分析 点击"View PSI-Blast Pseudo-Multiple sequence Alignment"可查看多重序列比对图,该图是最新的非冗余蛋白序列库扫描查询序列的结果,为了确保比对能产生准确的二级结构预测,同源蛋白评估的 E 值应 |
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