图1 10x Genomics单细胞ATAC实验流程

构建完成的文库如下图所示，从左到右（5'~3'）分别是：Illumina P5接头、P5测序引物、16bp 10x™Barcode、插入DNA片段、P7测序引物、样本Index（i7 index read）、Illumina P7接头。Read 1和Read 2用来对插入片段进行测序。

图2 10x Genomics单细胞ATAC文库结构

分析内容

图3 10x Genomics单细胞ATAC分析流程图

部分分析结果

图4 单细胞亚群分类tSNE图

图5 各亚群显著TF motif聚类热图

样本和测序要求

样本类型：单细胞核悬浮液

样本来源：细胞系、原代细胞、冷冻保存样品

细胞核大小：小于40μm

数据量：推荐每个细胞核测25,000 read pairs

应用案例解析

单细胞测序技术绘制哺乳动物染色质可接近性图谱

研究应用单细胞ATAC-seq分析了5只成年雄性小鼠13个组织约10万个单细胞染色质可及性，最终得到81173个细胞，共鉴定出85个亚群和436,206种调控元件，并利用启动子的相关基因对85个亚群的细胞类型进行注释，呈现了哺乳动物不同细胞类型的染色质调控图谱。

联合单细胞RNA-seq分析数据，发现两种方法注释的细胞类型表现出高度一致性；基于KNN分类将scRNA-seq中最常见的标记关联到scATAC-seq数据，共同注释细胞类型。

利用全基因组关联研究（GWAS）的数据，使用LDSC模型将人类的SNP提升到小鼠基因组中，根据DA峰值的重叠进行注释，研究人类特征性疾病与细胞类型间的相关性。

图6 联合scRNA-seq与scATAC-seq数据共同注释细胞类型

Tips

对10x单细胞ATAC测序感兴趣的老师和同学可留言咨询，基迪奥生物有丰富的项目经验,提供专业的解决方案和一对一的个性化分析服务，技术团队会携带仪器上门服务!

参考文献

Cusanovich Darren A, Hill Andrew J, Aghamirzaie Delasa, et al. A Single-Cell Atlas of In Vivo Mammalian Chromatin Accessibility[J]. Cell, 2018, 174:1309-1324.e18返回搜狐，查看更多