图2. 未注释转录本的鉴定

3） 首次提出单细胞转录组三代测序数据可以将一个单细胞中的父母源转录本准确区分开、分别进行精准定量分析。SCAN-seq显示出在同一个单细胞中精准识别小鼠品系特异性单核苷酸多态性（SNPs）的能力，平均误差率只有1.8%。利用这一方法，在单细胞分辨率确认了小鼠2-细胞期后的胚胎细胞中父源等位基因的mRNA比例逐渐增加，到囊胚期时每个胚胎细胞中来自母源和父源等位基因的mRNA拷贝数变得相当（如图3所示）。

图3. 等位基因特异性转录本的分析

该研究开发出的SCAN-seq新方法具有广阔的应用前景，能够克服单细胞转录组二代测序方法的各种局限性，将单细胞组学测序从“二”时代推进到“三”时代： （1）从一般只能测序单细胞中cDNA一端的有限信息，提升到能够测序单细胞中cDNA的全长信息；（2）从单细胞中一个基因的所有不同可变剪接产物（转录本）混合测量无法区分，提升到把单细胞中每个基因的所有不同可变剪接产物（转录本）精准分开；（3）从单细胞中一个基因的父母源表达信息混合在一起无法区分，提升到把单细胞中每个基因的父母源转录本精准分开；（4）从只能在单细胞中检测独特序列基因的转录本信息，提升到同时也能精准检测单细胞中高度重复序列的转录本信息；（5）从“一个基因，一个表型”的精度（one gene, one phenotype；人类基因组中有大约3万个基因），提升到“一种基因可变剪接转录本，一个表型”的精度（one RNA isoform, one phenotype；人类基因组中有大约30万种不同的可变剪接转录本）。总之，单细胞转录组三代单分子测序技术将揭开更多的转录组中“暗物质”的奥秘，给人类生物医学研究带来全新的发展机遇。

生物岛实验室研究员范小英、北京大学生命科学学院博士生廖雨涵和北京希望组生物科技有限公司汤冬硕士、李丕栋硕士为该论文的并列第一作者。北京大学未来基因诊断高精尖创新中心、生物医学前沿创新中心汤富酬教授与北京希望组王洋博士为该论文的共同通讯作者。该研究项目得到了国家自然科学基金委、北京市科技委和北京大学未来基因诊断高精尖创新中心的支持。

希望组作为三代测序的引领者，一直深耕三代测序领域，引进国际先进的PacBio Sequel II、ONT PromethION 48、MGISEQ2000、Bionano Saphyr光学图谱等技术平台，为科学研究和临床检测等提供多平台多水平的测序分析服务。利用单细胞结合三代测序平台，获取全长转录组信息，可为研究“一种基因可变剪接转录本，一个表型”打下夯实的基础。欲详细了解单细胞转录组三代测序服务及更多应用场景，可邮件联系[email protected]或联系希望组当地销售顾问。

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