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2024-07-08 02:19:04| 来源: 网络整理| 查看: 265

RStudion | 基础使用教程 | 基本设置 | 快捷操作 | 脚本运行 | 画图 一、RStudio界面布局二、RStudio基础设置2.1 general | 常规设置2.2 Code | 代码2.3 Console | 控制台2.4 Appearance | 外观2.5 Pane Layout | 排版布局2.6 Packages | R包2.7 R Markdown2.8 Python2.9 Sweave | R编译函数2.10 Spelling | 拼写检查2.11 Git/SVN2.12 Publishing2.13 Terminal | Accessibility 三、RStudio快捷操作四、RStudio脚本运行4.1 R包加载4.2 R包查询和使用4.3 脚本编写、记录及运行 五、RStudio图形绘制

一、RStudio界面布局

在之前的文章中介绍过R及RStudio的安装、更新等基础内容，内容如下：

新手安装可参考：R | R及Rstudio安装、运行环境变量及RStudio配置R | Rstudio安装 |Rstudio空白及显示无法访问此网站R包安装参考：R: R package安装的几种方式R版本更新及R包迁移参考：R: R版本更新及R包迁移（详细步骤）

本篇则主要介绍R语言的常用编辑器RStudio，在安装RStudio并打开后，界面如图1所示。 在这里插入图片描述 图1 RStudio默认分布排版

但通常情况，我们利用RStudio来编写和记录脚本，故可按照“File——New File——R Script”（图2）的顺序添加R脚本窗口，添加后的窗口布局如图3。 在这里插入图片描述 图2 RStudio创建R脚本文件

在这里插入图片描述 图3 RStudio常规分布排版

二、RStudio基础设置

关于RStudio的基础参数设置，可以在“Tools——Global Options”（图4）中找到。 在这里插入图片描述 图4 RStudio基础设置

2.1 general | 常规设置

RStudio常规设置中主要包括（图5）:

R版本更改；工作路径设置；新打开RStudio内容（程序+源文件）设置;.RData数据保存设置；选项卡之间的快捷切换；RStudio更新及内容报告。

在这里插入图片描述 在这里插入图片描述 图5 RStudio常规设置

注: 在打开RStudio之前，利用“ctrl + 点击RStudio图标”快捷键也可以进行R版本的选择。

2.2 Code | 代码

RStudio代码设置中主要包括（图6）:

代码缩进量、自动补齐等代码风格设置；代码及符号等的高亮显示设置；文件保存及编码设置；代码补齐参数设置；代码诊断参数显示设置。

在这里插入图片描述 在这里插入图片描述 在这里插入图片描述 在这里插入图片描述 在这里插入图片描述 图6 RStudio代码设置

注: “Ctrl + 单击链接”，可在默认浏览器中打开编辑器中的链接。

参考: RStudio设置选项(全)——2. Code

2.3 Console | 控制台

RStudio控制台设置中主要包括（图7）:

代码显示及输出元素设置；报错内容设置。

在这里插入图片描述 图7 RStudio控制台设置

注: “options(max.print=num) ”可以修改元素的显示数量。

2.4 Appearance | 外观

RStudio外观设置中主要包括（图8）:

主题设置；代码字体设置。

在这里插入图片描述 图8 RStudio外观设置

注: “R包rsthemes ”可以对RStudio主题进行修改设置。

2.5 Pane Layout | 排版布局

RStudio排版布局设置中主要包括（图9），对应于图3:

脚本文件窗口内容；控制台窗口设置；环境变量、历史等窗口；文件、绘图输出等窗口。

在这里插入图片描述 图9 RStudio排版布局设置

脚本文件（source）窗口（图10），主要用于打开不同类型的脚本文件（.R、.rmd、.py等）。可同时打开多个活动文件，并对代码命令进行编辑。 在这里插入图片描述 图10 RStudio source窗口

控制台（console）窗口（图11），主要用于执行代码命令、提供后台运行R脚本功能。 在这里插入图片描述 在这里插入图片描述 图11 RStudio source窗口

环境变量（environment）窗口（图12-13），包括Environment、History、Connections、Build、Version Control System (VCS)及Tutorial选项卡。

此处仅列出Environment（查看变量及对象）、History（显示已执行命令行，可对其进行加载、保存和删除）及Tutorial（教程） 选项卡包含内容。 在这里插入图片描述 在这里插入图片描述 图12 RStudio 环境变量及历史记录窗口

教程选项卡（图13），首次安装R后，此处会提醒需要安装R包 “shiny”及“learner”，按照提示点击链接安装即可。

安装完成后即可打开对应内容进行查看，R包安装及示例如下（图13）。 在这里插入图片描述 在这里插入图片描述 在这里插入图片描述 在这里插入图片描述 在这里插入图片描述 图13 RTutorial窗口

文件输出（File）窗口（图14），包括Files, Plots, Packages, Help, Viewer和Presentation选项卡。

此处仅列出Files（工作路径及当前路径下的文件内容）、Plots（绘图显示）及Packages（R包安装及更新） 选项卡包含内容。 在这里插入图片描述 在这里插入图片描述 在这里插入图片描述 图14 RStudio 文件、绘图、R包及帮助文档窗口

2.6 Packages | R包

RStudio Packages设置中主要包括（图15）:

R包管理；R包创建。

R包下载安装的镜像源也可以通过以下代码直接进行查看和修改：

# R包当前镜像源查看 > getOption("repos") CRAN "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" attr(,"RStudio") [1] TRUE # R包 CRAN镜像源修改 options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))) # R包 bioconductor（生物信息相关R包）镜像源修改 options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

在这里插入图片描述 在这里插入图片描述 在这里插入图片描述 图15 RStudio Packages设置

官方介绍：

Managing Packages with the RStudio IDESecure Package Downloads for RHow to Get Consistent Line Breaks in vs Code (LF vs CRLF)

其他相关内容：

R: R package安装的几种方式R: R版本更新及R包迁移（详细步骤）R | R包默认安装路径的查看及修改第 2 章 安装与环境配置 2.7 R Markdown

R Markdown 是一种用 R 制作动态文档的文件格式（.Rmd）。R Markdown 文档是用 markdown（一种易于书写的纯文本格式）编写的，其中包含嵌入式 R 源代码块、输出结果及图形展示等。方便同行之间进行交流，可以转换为HTML、PDF及Word等多种格式的报告文件。

RStudio R Markdown设置中主要包括（图16）:

.Rmd格式文件基础参数设置；.Rmd格式文件可视化等参数设置。

在这里插入图片描述 在这里插入图片描述 在这里插入图片描述 图16 RStudio R Markdown设置

相关介绍：

R Markdown from RStudioExploring RStudio’s Visual Markdown EditorR Markdown Tips: Code, Images, Comments, Tables, and moreVisual R Markdown-Line Wrapping-ReferencesR Markdown integration in the RStudio IDEUntoggle inline output in RMarkdown in RStudioR Notebooks-inline output-chunks in directoryThe working directory for R code chunksAutomatic execution of setup chunk in Rmd 2.8 Python

在这里插入图片描述 图17 RStudio Python设置

2.9 Sweave | R编译函数

RStudio Sweave设置中主要包括（图18）:

PDF生成参数设置；R包创建。

在这里插入图片描述 图18 RStudio Sweave设置

官方介绍：

Using Sweave and knitr 2.10 Spelling | 拼写检查

RStudio Spelling设置中主要包括（图19）:

RStudio词典选择设置；拼写检查参数设置。

在这里插入图片描述 图19 RStudio Spelling设置

2.11 Git/SVN

RStudio Git/SVN设置中主要包括（图20）:

Git/SVN可执行文件位置的设置；SSH密钥与GitHub的链接。

在这里插入图片描述 图20 RStudio Spelling设置

2.12 Publishing

RStudio Publishing设置中主要包括（图21）:

发布账户及相关证书内容设置。

在这里插入图片描述 图21 RStudio Publishing设置

相关介绍：

Publishing to an RStudio Connect Server with a Self-Signed or Untrusted SSL Certificate 2.13 Terminal | Accessibility

相关介绍：

Using the RStudio Terminal in the RStudio IDEAccessibility 三、RStudio快捷操作 快捷操作描述?查询帮助文档tab键显示所有的代码补全选项alt + shift + k打开快捷方式面板ctrl + 左键点击链接默认浏览器打开该链接；跳转该链接路径下的文件内容ctrl + enter运行选中代码命令行ctrl + tab在打开的选项卡之间切换ctrl + alt + c复制文件地址ctrl + alt + p重新运行上次的命令ctrl + shift + enter运行所有代码行命令ctrl + Shift + C批量注释/取消注释ctrl + Shift + H打开一个弹出窗口并选择工作目录ctrl + Shift + M管道工具（％>％）ctrl + Shift + P显示命令面板ctrl + 点击RStudio图标R版本的选择rm()删除环境变量中特定数据集、函数等内容rm(list())删除环境变量中特定数据集、函数等内容gc清除内存ctrl+L清除控制台中输出内容load加载已保存的工作空间.RDataoptions(max.print=num)可以修改输出元素的显示数量----添加标题显示#通过不同“#”表示标题级别

在这里插入图片描述 图22 标题显示设置

四、RStudio脚本运行 4.1 R包加载 通过函数 “library()” 或 “require()” 加载R包 > library(dplyr) 载入程辑包：‘dplyr’ The following objects are masked from ‘package:stats’: filter, lag The following objects are masked from ‘package:base’: intersect, setdiff, setequal, union > require(R包名称) 通过RStudio文件窗口中的 “packages” 窗格勾选对应R包

在这里插入图片描述 图23 R包加载

4.2 R包查询和使用 通过 “.libPaths()”函数查询R包的安装路径，如下所示： > .libPaths() [1] "C:/Users/hp/AppData/Local/R/win-library/4.3" [2] "D:/Program Files/R/R-4.3.1/library" 通过 “available.packages()”函数查询所用电脑可以安装的R包，如下所示： > available.packages() Package Version A3 "A3" "1.0.0" AalenJohansen "AalenJohansen" "1.0" AATtools "AATtools" "0.0.2" 通过 “library()” 或 “installed.packages()” 函数查询所有路径下安装的R包，如下所示： > library() > installed.packages() Package LibPath Version askpass "askpass" "C:/Users/hp/AppData/Local/R/win-library/4.3" "1.2.0" backports "backports" "C:/Users/hp/AppData/Local/R/win-library/4.3" "1.4.1" base64enc "base64enc" "C:/Users/hp/AppData/Local/R/win-library/4.3" "0.1-3" 通过 “search()” 或 “(.packages())” 函数查询目前已加载的R包，如下所示： > search() [1] ".GlobalEnv" "package:dplyr" "tools:rstudio" "package:stats" [5] "package:graphics" "package:grDevices" "package:utils" "package:datasets" [9] "package:methods" "Autoloads" "package:base" > (.packages()) [1] "dplyr" "stats" "graphics" "grDevices" "utils" "datasets" "methods" [8] "base" 通过 “sessionInfo()” 函数查询已安装R包版本，如下所示： > sessionInfo() R version 4.3.1 (2023-06-16 ucrt) Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) Running under: Windows 11 x64 (build 22621) Matrix products: default locale: [1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_China.utf8 LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_China.utf8 [3] LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_China.utf8 LC_NUMERIC=C [5] LC_TIME=Chinese (Simplified)_China.utf8 time zone: Etc/GMT-8 tzcode source: internal attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base other attached packages: [1] dplyr_1.1.3 loaded via a namespace (and not attached): [1] digest_0.6.33 utf8_1.2.3 R6_2.5.1 fastmap_1.1.1 [5] tidyselect_1.2.0 xfun_0.40 magrittr_2.0.3 glue_1.6.2 [9] tibble_3.2.1 knitr_1.44 pkgconfig_2.0.3 htmltools_0.5.6 [13] generics_0.1.3 rmarkdown_2.25 lifecycle_1.0.3 cli_3.6.1 [17] fansi_1.0.4 vctrs_0.6.3 rsconnect_1.1.1 compiler_4.3.1 [21] rstudioapi_0.15.0 tools_4.3.1 pillar_1.9.0 evaluate_0.21 [25] yaml_2.3.7 rlang_1.1.1 通过 “help()”函数对R包的函数功能进行查询，如下所示： help(package="R包名称") 通过 “help()”函数对特定函数属于哪个R包进行查询，如下所示： help("函数名") 通过 “detach(“package:R包名称”)”卸除（取消加载）已加载的R包，如下所示： detach("package:R包名称") 通过 “remove.packages()”函数卸载R包，如下所示： remove. packages(c(“R包名称1”,”R包名称2”) , lib = file .path(“输入R包安装路径”, “to”, “library”)) 通过 “update.packages()”函数更新R包，如下所示： update.packages() 4.3 脚本编写、记录及运行

- 脚本编写及记录

通常情况下，可以在《脚本文件窗口》及《控制台》直接输入代码命令，但当运行部分代码命令后，可以在《环境变量窗口、历史》中将运行过的特定代码命令输入到《脚本文件窗口》或《控制台》窗口中，并进行再次运行及保存。 在这里插入图片描述 图24 代码行运行操作

- 脚本运行

选择需要运行的单行或多行代码，通过 Ctrl + Enter 键或点击 Source 窗口标题栏的 “Run” 按钮。

在这里插入图片描述 图25 代码行运行命令

运行某一段代码后，通过 ctrl + alt + p 键，可重新运行上一次运行的单行或多行代码命令。执行所有命令行，通过 Ctrl + Shift + Enter 键 或使用标题栏上的 Source 按钮。

在这里插入图片描述 图26 所有代码行运行命令

五、RStudio图形绘制

在R安装路径无中文的情况下，运行代码绘图，会在右下角文件窗口的plot窗口中显示绘制图形，如图27。 在这里插入图片描述 图27 plot绘图窗口展示

但当路径下有中文时，RStudio则不显示绘制图形，可通过 “dev.new()” 来创建一个新的图形窗口进行展示，并用 “dev.off()” 关闭创建的图形窗口。

参考内容：

Learning R OnlineCustomizing the RStudio IDE房子下面一头猪（详细）-RStudio入门教程R语言初级教程(02): RStudio的使用R语言：从基础到进阶R的安装与配置


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