这两个都用过，说点经验吧。主要是看你开发的软件用途。

如果这个软件定位成内部使用小工具或者产品的无关紧要的部分，同时开发人员同时会python和C++的，用PyQt比较好，开发速度快，调试方便一些

如果是将要正式发布的产品或者比较重要的软件或者性能优先的软件，老老实实用原生的Qt，不然后面问题多的要命，包括防止反编译，产品二次修改之内的

PS：使用PyQt也要理解面向对象的概念的，否则用PyQt写的东西只能是玩具，不具备可维护性。总之PyQt实际上是牺牲了Qt以及C++的一些特性从而换取开发速度，就看你的设计取舍了。