多配体分子对接（Simultaneous Multiple Ligand Docking, SMLD）或（Multiple Ligand Simultaneous Docking, MLSD）是一种分子对接技术，用于将多个配体（小分子药物候选物）同时对接到一个蛋白质分子的结合位点。与传统的分子对接技术不同，传统方法通常只考虑一个配体与一个蛋白质的相互作用。SMLD的目标是更高效地研究多个配体如何与同一个蛋白质相互作用，以寻找潜在的药物候选物。

以下是SMLD的一些关键特点和优势：

多样性研究：SMLD使研究人员能够研究多个不同结构的配体，以确定它们如何与同一个蛋白质相互作用。这有助于更好地理解配体的多样性和结合模式。

药物组合研究：SMLD可用于研究多个配体如何同时与蛋白质相互作用，这对于研究多药联合治疗或多配体组合疗法非常重要。

计算挑战：尽管SMLD具有吸引力，但它也面临着计算上的挑战，因为需要同时考虑多个配体的不同构象和相互作用。因此，需要高性能计算资源和先进的算法来有效地执行SMLD。

目前能够实现多配体分子对接的开源工具有AutoDock Vina。AutoDock Vina官方多配体对接英文教程可参考Multiple ligands docking，以PDE与两种抑制剂 (pdb id: 5x72) 的复合物为例，证明了AutoDock Vina成功对接多个配体的能力。

以下内容将以PRMT5为例，通过使用AutoDock Vina来进行多配体分子对接。AutoDock Vina 1.2.0 简介和对接计算参考往期博客AutoDock Vina 1.2.0 对接计算（大批量）。

所用到的软件：

PRMT5·MTA复合物最近已成为治疗MTAP缺失癌症的新合成致死药物靶点。MRTX1719 是 PRMT5•MTA 复合物的有效选择性抑制剂，与 MTAP 野生型细胞相比，可选择性抑制 MTAP 缺失细胞中的 PRMT5 活性。因此以该复合物结构（PDB: 7S1S）为例，如下图中的两个小分子85k和MTA为双配体同时与PRMT5结合位点做多配体计算。

最终获得7S1S_H.pdbqt文件作为受体进行Vina的对接计算。

将获得7s1s_C_MTA.pdbqt和7s1s_D_85K.pdbqt文件。

由上述3.1.6得到口袋参数信息：center_x, center_y, center_z 和 size_x, size_y, size_z，将其写入文件7s1s_vina.txt文件中，文件内容如下⬇：

center_x = -31.9 center_y = -43.7 center_z = -7.1 size_x = 25.8 size_y = 29.8 size_z = 20.6

到此为止，我们准备好了vina对接前所需的所有文件⬇：

接下来就可以直接开始对接计算了。该脚本假定vina已经在PATH环境变量中。否则，请进行相应修改。

运行过程如下⬇： 从上图可知，最终有9个构象生成，打分最低即排名第一的构象的预测亲和力为-16.37 kcal/mol，所有构象保存在7s1s_vina_out.pdbqt文件。

将7s1s_vina_out.pdbqt文件转格式为SDF格式以便于在PyMol中进行构象的可视化分析，该脚本假定ADFR已经在PATH环境变量中。否则，请进行相应修改。

将对接后的结果文件7s1s_vina_out.sdf和对接前的原始实验结构7S1S.pdb文件一起载入PyMOL程序中。通过在PyMOL中可视化比对vina对接后的构象（蓝色）和原始实验结构中的小分子构象（紫色），排名第一的构象与之比对如下图所示⬇： 其中，紫色部分是原始的实验所得构象，蓝色部分是vina对接后的小分子构象。从上图可以看出vina对85k的构象预测十分精确，而对MTA分子的构象预测稍有差异，但计算后两个分子的空间位置排布（←MTA，85k→）与实验结果一致。