PCR扩增16SrDNA实验原理、材料和操作步骤以及常见问题分析 |
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例如: 模板DNA在94℃条件下变性形成单链; 在55℃条件下根据目的基因两侧序列设计的引物分别与其同源序列结合;70℃下在耐热性DNA聚合酶Taq 酶催化下, 在4种dNTP存在条件下延伸形成双链。完成一次循环。 接着又以新合成的DNA为模板进行同样反应,如次往复循环30次,由于每次循环目标DNA都以2n次幂扩增,30次循环后目的DNA的量增加106-7倍。成功的PCR反应要求反应有很好的特异性,和相当的扩增效率。 DNA模板 纯度:蛋白、多糖、酚类等杂质会抑制PCR反应 完整性: 模板降解会导致PCR扩增无产物 浓度: 加量过多导致非特异性扩增增加 引 物 特异性:长度适当、避免二级结构和二聚体 完整性:避免反复冻融 浓度:应适当,过高导致非特异性增加,过低则扩增产物太少 三、反应体系对PCR扩增的影响
四、材料、设备及试剂 设备 :eppendorf管、微量取液器, 台式 高速离心机, 电泳仪、电泳槽、UVP凝胶成像系统、PCR仪
试剂:16SrDNA引物、细菌基因组DNA、Taq Plus、dNTP、 PCR 反应缓冲液、琼脂糖 、TAE电极缓冲液、Lamdar DNA/HindⅢ 、EB 、 加样缓冲液 五、操作步骤 (一)、PCR反应 1. 依次混匀下列试剂 5μl 10×PCR反应缓冲液 1μl 4种dNTP 2μl 上游引物(引物1) 2μl 下游引物(引物2) 1μl 模板DNA 0.5μl Taq DNA聚合酶 38.5μl H2O 混匀后离心5秒。 (二)扩增:用94℃变性3分钟, 94℃变性1分钟,61℃退火1分钟, 72℃延伸1分钟, 循环30轮,进行PCR。最后一轮循环结束后, 于72℃下最后延伸5分钟,使反应产物扩增充分。 (三)电泳鉴定:方法同实验二(2%琼脂糖凝胶)
六、PCR常见问题分析 问题一:无扩增产物 现象:正对照有条带,而样品则无;
问题二:非特异性扩增 现象:PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致,或大或小,或者同时出现特异性扩增带与非特异性扩增带。
问题三:拖尾 现象:产物在凝胶上呈Smear状态。
问题四:假阳性(筛选转基因、检测基因表达情况) 现象:空白对照出现目的扩增产物
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